（2）二代重测序基因组拼接组装（自整理）

琉璃月月呀

已于 2024-05-22 16:45:57 修改

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文章标签： linux 学习方法

于 2023-05-24 19:57:39 首次发布

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首先，拿到华大公司的测序文件，自己磁盘留存，然后上传服务器。（以U.antarctica为例）

一、数据基本处理

$ mkdir U.antarctica 
$ cd U.antarctica  

$ gunzip *.gz 
$ cat XX_1.fq XX_3.fq > U.antarctica_1.fastq  
将对应端序列合并
$ cat XX_2.fq XX_4.fq > U.antarctica_2.fastq 
若一次性测序完毕，则不需要合并仅解压就行

二、fastq碱基质量控制

记得先建立输出目录~

$ mkdir XX_fastqc 
建立输出目录
$ fastqc -o XX_fastqc -t 10 U.antarctica_1.fastq U.antarctica_2.fastq 
双端
运用FastQC进行质量评估，输出结果在所建立目录下，运用10个线程进行工作，对XX.fq（可多个）进行质量评估

$ fastqc -o BJ_UM_map_result_fastqc -t 10 BJ_UM_map_sort.fastq 
单端
用FastQC一定要先给它建立文件夹，这个笨软件不会自己建！

fastqc结果可以看到碱基质量情况、GC含量等（主要是我的数据GC老有双峰，后面一直在想办法去除这个问题&#x