革兰氏染色的机理是利用革兰氏酚(Gram's phenol)作为指示剂,将细菌分类为革兰氏阳性和革兰氏阴性的两类。革兰氏阳性菌会吸收革兰氏酚,使其呈淡紫色;而革兰氏阴性菌则不会吸收革兰氏酚,而是保持白色。