生信软件安装手册

很多生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了

一：安装conda

1：介绍

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

2：下载

# 这个版本是适合于linux的
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# mac用户请用：
curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

# mac用户选择图形化界面的anaconda版本也可。
# 传送门：https://www.anaconda.com/products/individual 
# 往下翻，选择64-Bit Graphical Installer

3：安装命令

# 给执行权限
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
# 运行下列命令一路enter
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
# 查看conda版本
conda --version

4：创建环境

 # 创建名为zhylb的环境
 conda create --name zhylb

5：查看环境信息

cando info -e

6：激活环境

source activate zhylb

7：切换环境

# 切换环境
conda activate zhylb
# 退出环境
conda deactivate

8：添加频道-第三方源

# 官方频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

# 这个频道有的时候会引起网络错误, 网络不稳定的朋友不建议加.
conda config --add channels genomedk

# 其它第三方频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
Conda Forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
msys2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
menpo
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/


conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/clou

9：安装测试包keras【用于测试conda】

conda install keras

二：安装 Orthofinder 【生信基因功能分析工具】

# 使用conda安装orthofinder
conda install orthofinder
# 查看是否安装成功
orthofinder

三：安装 Kinfin 【生信基因功能分析工具】

1：依赖的软件工具

Python2.7+ (is installed on most Unix/Linux systems)
pip
GNU wget (is installed on most Unix/Linux systems)
git (optional)
interproscan【可不安装】

2：依赖工具的安装

若依赖工具已经存在，则忽略此步骤

2.1：安装python2.7

2.2：安装pip

# 更新pip命令
pip install --upgrade pip
# pip降级命令
python -m pip install pip==9.0.3

2.3：安装GNU

2.4：安装git

2.5：安装interproscan

interPro介绍

InterPro是一个数据库，其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族，同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分类，InterPro使用先验模型，整合了不同的数据库形成一个整体 而InterProScan则是一款可以使用InterPro数据库的软件

InterProScan 5.0 安装

这款软件的安装可以完全按照InterProScan说明文档中的教程来操作，简单的介绍下：

1. 首先下载InterProScan 5.0，下载地址：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/，选择最新版本即可，然后下载

2. 然后下载Panther Models，下载地址ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/,同样也是选用最新版本即可，然后下载

3. 在安装上述之前，先检查下服务器是否满足安装的需求：

   • 64-bit Linux
   • Perl (default on most Linux distributions)
   • Python 2.7.x only
   • Oracle’s Java JDK/JRE version 8 (required by InterProScan 5.17-56.0 onwards). Earlier InterProScan release versions required Java 6 (version 6u4 and above) or Java 7.
   • Environment variables set
     • $JAVA_HOME should point to the location of the JVM
     • $JAVA_HOME/bin should be added to the $PATH

4. 详情可以查看https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/InstallationRequirements

5. 配置完后可以进行安装了，其实解压缩就可以了：

tar -zxvf interproscan-5.24-63.0-64-bit.tar.gz
cd interproscan-5.24-63.0/data/
#记得把panther-data-11.1.tar.gz压缩包先移到上述目录下
tar -zxvf panther-data-11.1.tar.gz

1. 接下来是一个可选项，看你需要不要Match Lookup Service，因为我是本地化，不想联网操作，因此就会禁止这项操作

vim interproscan-5.24-63.0/interproscan.properties
#然后 #掉下面这行代码
precalculated.match.lookup.service.url=http://www.ebi.ac.uk/interpro/match-lookup

1. 经过上述几步，InterProScan的安装基本完成

InterProScan 5.0 的使用

在安装完后，我们可以拿Interproscan文件夹中的测试文件进行测试下

./interproscan.sh -i test_proteins.fasta -f tsv

如果没有报错，则表示InterProScan能正常运行了
一般常用的参数有这些：

• -appl,–applications 用于指定使用Interpro中哪些数据库，默认全部数据库
• -b,–output-file-base 用于指定输出文件的路径or文件夹，默认是输入文件的路径
• -f,–formats 用于指定输出文件的后缀，蛋白序列默认输出TSV, XML and GFF3
• -i,–input 输入文件，一般要为fasta格式，不要带有其他特殊符号

3：安装kinfin步骤

# Step1 获取kinfin源码
git clone https://github.com/DRL/kinfin.git
# Step2 进入kinfin目录
cd kinfin
# 执行 ./install命令
./install

四：安装mafft【多重序列比对软件】

conda安装

conda install mafft

• 查看版本

五：安装raxml【最大似然法（ML法）建树软件】

使用conda安装【推荐使用】

conda install raxml
# 查看版本 
raxmlHPC -h

安装包安装

1.下载解压

wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip
unzip standard-RAxML-master.zip
cd standard-RAxML-master

2.安装

在 Linux 按 CPU 的计算速度，有 3 种版本： 标准版， SSE3 和 AVX 版本。 按并行化方式有 4 种版本： Sequential, Pthreads, MPI, Hybrid Pthreads/MPI 。可以编译出 12 个不同版本的 RAxML 程序。 SSE3 版本比标准版快 ~40%, AVX 版本比 SSE3 版本快 10~30% 。 与 CPU 支持有关。

 make -f Makefile.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.SSE3.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.AVX.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.PTHREADS.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.MPI.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.AVX.MPI.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.HYBRID.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc
 rm *.o
 make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc
 rm *.o

3.设置环境变量

 cd ..
 mv standard-RAxML-master /opt/biosoft/RAxML-8.0.26
 echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.0.26/'
>> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc

六：安装IQtree 【最大似然法进化树构建软件】

使用conda安装

conda insall IQtree
# 查看版本
iqtree

七：安装beast【贝叶斯MCMC分析的一系列合集软件】

使用conda安装

conda install beast

查看 版本
beast