生信软件安装手册

最新推荐文章于 2025-09-08 23:17:10 发布

原创

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#数据分析

文章介绍了如何通过conda安装和管理生物信息学软件，包括安装conda、创建环境、添加渠道以及安装keras、orthofinder、kinfin、mafft、raxml、iqtree和beast等工具的过程。

很多生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了

一：安装conda

1：介绍

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

2：下载

# 这个版本是适合于linux的
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# mac用户请用：
curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

# mac用户选择图形化界面的anaconda版本也可。
# 传送门：https://www.anaconda.com/products/individual 
# 往下翻，选择64-Bit Graphical Installer

3：安装命令

# 给执行权限
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
# 运行下列命令一路enter
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
# 查看conda版本
conda --version

4：创建环境

 # 创建名为zhylb的环境
 conda create --name zhylb

5：查看环境信息

cando info -e

6：激活环境

source activate zhylb

7：切换环境

# 切换环境
conda activate zhylb
# 退出环境
conda deactivate

8：添加频道-第三方源

# 官方频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

# 这个频道有的时候会引起网络错误, 网络不稳定的朋友不建议加.
conda config --add channels genomedk

# 其它第三方频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

conda config --add channels https://