linux 建树软件,新一代建树工具IQ-Tree介绍

系统发育树(phylogenetic tree)构建的软件可谓五花八门。大体上，有如下几种策略：从最简单的UPGMA法，到邻接法(neighbor joining)，最大简约法(most parsimonious)，再到最大似然法，以及贝叶斯法，每种方法都有不少可以选择的工具。

最大似然法和贝叶斯法，在现在，被认为是两种比较可靠的建树策略。贝叶斯法的最大劣势在于速度太慢，其达到convergence的漫漫长路让无数研究者望而却步。所以，一些研究者为了快速出树会采用快速的邻接法或最大简约法建树。其实，这些方法(邻接法、最大简约法)并不严谨，特别是在处理有较大分歧的序列时，long branch attraction(LBA，长枝勾引)现象可能导致严重的错误。

因此，最大似然法是很多杂志上青睐的建树策略。MEGA、phyml同raxml是比较常用的提供最大似然法建树的软件。然而，要注意的是，虽然速度上相对贝叶斯法有优势，但在今天实验室里，纵使快如raxml亦或是新如MEGA X，也越来越无法满足研究人员只争朝夕的节奏和日益高涨的雄心。此外，对于特别专业的研究者，有时需要选择进化模型(核苷酸或氨基酸替代模型)——如果不幸运的话，不合适的模型选择会直接影响到树的结构，导致错误的结论。而模型选择往往需要借助其他工具进行，这使得大家在软件的使用上有些不方便。再者，比如RAxML，其对于核苷酸替换模型的支持很差，只有屈指可数的几个模型可供选择。

本文为大家推介一款近年来悄然兴起的最大似然法进化树构建软件——IQTREE。自2014年11月问世以来，截止2018年6月13日，IQTREE已收获了778次引用(谷歌学术，下同)，而RAXML是6180。相对于raxml，其总引用数虽然相距甚远，但最近势头却更加强猛：IQTREE在2017年321 citations,2018年上半年未结束就已经达到277 citations；而RAxML在2017年2200 citations，进入2018赛季目前是1290 citations。

IQ-TREE主要由来自奥地利维也纳大学(Universität Wien)的越南天才学者BùiQuang Minh(裴广明，似乎是这么译的)开发。提供包括windows(64/32位)、linux(64/32位)、以及macs在内的多平台不同版本。

如下图所示，IQ-TREE有四大功能，在很大程度上解决了前面提到的最大似然法建树软件、尤其是速度上的几个缺陷：

高效建树(efficient tree reconstruction)

模型选择(modelfinder: fast and accurate model selection)

超快自展(ultrafast bootstrap approximation)

大型数据(big data analysis)