IQtree是一款用于构建系统发生树的软件，采用最大似然法。通过conda环境安装，使用`conda create -n iqtree`和`conda activate iqtree`激活并安装。运行时，输入`iqtree -s 输入文件 -nt 线程数 -o 指定外群 -pre 输出文件存放目录`，其中-s指定输入文件，-nt设定计算线程，-o定义外群，-pre指定输出路径。
1.IQtree是什么
利用最大似然法构建系统发生树的软件。
2.IQtree下载安装
conda create -n iqtree
conda activate iqtree
conda install iqtree
3.IQtree的运行
iqtree -s input_file -nt 10 -o ma -pre /home/../tree/
-s 输入文件
-nt 线程数
-o 指定外群，fasta文件中>后面的部分，如果设置多个外群，放在一个列表里，比如：[ma,td,tj]
-pre 指定输出文件存放的目录
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