r语言绘制精美pcoa图_「R」数据可视化5：PCA和PCoA图

最新推荐文章于 2024-09-10 11:17:43 发布
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本文详细介绍了R语言中PCA（主成分分析）和PCoA（主坐标分析）的概念，以及如何使用ade4包进行这两种分析，并展示了如何绘制相应的散点图。PCA基于原始数据，而PCoA基于距离矩阵，两者都能降低数据维度。通过分析学生成绩数据，发现PCA和PCoA在区分不同成绩等级上的表现。
摘要由CSDN通过智能技术生成

其实不论是PCoA还是PCA图均是用散点图来展示结果PCoA和PCA的结果，PCoA和PCA准确来讲是数据降维分析方法。

什么是PCA和PCoA

主成分分析(Principal components analysis，PCA)是一种统计分析、简化数据集的方法。它利用正交变换来对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换，从而投影为一系列线性不相关变量的值，这些不相关变量称为主成分(Principal Components)。具体地，主成分可以看做一个线性方程，其包含一系列线性系数来指示投影方向(如图)。PCA对原始数据的正则化或预处理敏感(相对缩放)。PCA是最简单的以特征量分析多元统计分布的方法。通常情况下，这种运算可以被看作是揭露数据的内部结构，从而更好的解释数据的变量的方法。

PCA示意图

主坐标分析(Principal Coordinates Analysis，PCoA)，即经典多维标度(Classical multidimensional scaling)，用于研究数据间的相似性。PCoA与PCA都是降低数据维度的方法，**但是差异在在于PCA是基于原始矩阵，而PCoA是基于通过原始矩阵计算出的距离矩阵。**因此，PCA是尽力保留数据中的变异让点的位置不改动，而PCoA是尽力保证原本的距离关系不发生改变，也就是使得原始数据间点的距离与投影中即结果中各点之间的距离尽可能相关(如图)。

PCoA示意图

如何进行PCA和PCoA分析

R中有很多包都提供了PCA和PCoA,比如常用的ade4包。本文将基于该包进行PCA和PCoA的分析，数据是自带的deug

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