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排序图+聚类树
聚类树一般用以表示层次聚类的结果,排序图中也可添加聚类树展示对象间的层次结构。
在前文简介主成分分析(PCA)的方法中,展示了一例在PCA排序图中添加聚类树的方法。
#vegan 包中的 PCA 方法
library(vegan)
dat pca
pca1 pca2
#I 型标尺的 PCA 排序图
p xlab = paste('PCA1:', pca1, '%'), ylab = paste('PCA2:', pca2, '%'))
points(pca, dis = 'site', choices = c(1, 2), scaling = 1, pch = 21, cex = 1.2,
bg = c(rep('red', 5), rep('orange', 5), rep('green3', 5)), col = NA)
#添加聚类,如 UPGMA 聚类
tree plot(tree)
ordicluster(p, tree, col = 'gray')