matlab load 速度_关于Lammps计算声子态密度(PDOS)的Matlab接口文件改进

本文介绍了对@泛柏舟关于使用Lammps计算声子态密度(PDOS)方法的改进,特别是针对樊哲勇老师的Matlab接口代码进行了简化和加速。通过修改Lammps输出命令和优化Matlab转换代码,提高了计算速度和效率。
摘要由CSDN通过智能技术生成

@泛柏舟 的文章详细介绍了lammps计算声子态密度(PDOS)的几种方法,其中使用lammps输出原子速度轨迹,再采用樊哲勇老师所写matlab代码进行计算是相对可取的一种方法。

泛柏舟:通过lammps输出速度计算VODS​zhuanlan.zhihu.com
zhihu-card-default.svg

其中比较重要的部分是将lammps速度轨迹文件转换为樊哲勇matlab代码的输入文件,@泛柏舟 博文中也给出了相应的matlab代码,本文基于此版本进行了简化和改进,提升了其运算速度。

1.首先同样在Lammps中输出原子速度轨迹文件v_output.lammpstrj

只需在lammps代码中加入这样一行命令

dump 1 all custom 1 v_output.lammpstrj id type vx vy vz

2.利用matlab代码,将v_output.lammpstrj文件转换为v_out.txt文件,使其可以直接输入到樊哲勇代码中来

matlab代码如下:

function Rebuild_data(Nf,N)
% 将lammps输出的v_output.lammpstrj,转换为樊哲勇plot_pdos.m的输入文件
% Nf: 计算总时间步数
% N: 原子总数

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