java基因序列个数_在多个FASTA文件中查找和替换多个序列 Headers

这是我的问题(使用Mac OS X)：

我有大约35个FASTA文件，每个文件有30个序列 . 每个FASTA文件代表一个基因，它们都包含相同的个体，每个文件中具有相同的序列 Headers . Headers 格式为“#### _ G_species”，数字为非顺序 . 我需要遍历每个文件并更改4个特定标头，同时还将输出保持为35个离散文件，其名称与相应的输入文件相同，最好将输出存放到单独的子目录中 .

例如：每个文件都包含一个“6934_Sergia_sp”，我需要将所有35个文件中该名称的每个实例更改为“6934_R_robusta” . 我需要对“8324_Sergestes_sp”执行相同的操作，将每个文件中的每个实例更改为“8324_P_vigilax” . 用不同的接头冲洗并重复2次 . 更改 Headers 后，我需要有35个离散输出文件，其名称与相应的输入文件相同 .

使用以下脚本：

find /home/user/directory -name \*.c -exec sed -i "s/cybernetnews/cybernet/g" {} \;

根据我的需要更改信息，我得到一个这样的脚本：

find Path/to/my/directory -name \*.fas -exec sed -i 's/6934_Sergia_sp/6934_R_robusta/g' {} \;

我发现在-i给出之后我应该添加'.fas'：

find Path/to/my/directory -name \*.fas -exec sed -i '.fas' 's/6934_Sergia_sp/6934_R_robusta/g' {} \;

因为在Mac上你需要为输出文件指定一个扩展名 . 运行这样的脚本，我得到的几乎是我正在寻找的每个输入文件被复制，每个正确的 Headers 正确替换新名称，输出放在同一目录中 . 但是，这一次只能替换一个标头，输出文件的扩展名为.fas.fas .

继续前进，我将不得不重命名输出文件以删除扩展中的第二个“.fas”，并重写并重新运行脚本3次，以便按照我想要的方式更改所有内容，这不会是结束世界，但绝对不会是理想的 .

是否可以设置脚本以便我可以同时运行所有4个替换，同时还将输出导出到新的子目录？