MIMIC-IV数据分析 - 使用R语言探索icustay_detail视图

MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些更新，收集了2008至2019年BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。

主要使用ggplot2来可视化icustay_detail视图，做一下数据探索

icustay_detail视图是官方代码生成的视图

由以下SQL生成，本章我们不讲解生成的SQL具体语义（后面进一步讲解mimic数据提取时候讲解）

关于如何生成官方物化视图查看以往文章

手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图

MIMIC-IV数据库衍生表格mimic_derived配置和使用

本章用到

数据源: postgresql数据库， mimic-iv数据

安装R Console

安装R Studio

R 安装包  :  RODBC、 odbc、 RPostgres

1. 新建一个notebooks 用于数据探索

打开R stuido  点击  File  -   New File  -  R Notebook 

1. 所有ICU患者年龄分布

变量来自admission_age

2. ICU患者出院时是否死亡

变量来自hospital_expire_flag

注意没有以上代码的话， 将没有计数

3.  ICU患者住院时长分布

变量来自los_hospital

4. ICU患者ICU时长分布

变量来自los_icu

5. ICU患者住院次数

这个变量来自hospstay_seq。

这次不附代码了，图片里面有，比较简单。