MIMIC-IV官方视图解析 - AKI 肌酐 (kdigo_creatinine、kdigo_stages)

判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看， 今天我们主要提取肌酐。

kidgo指南的表格

AKI诊断标准：
符合以下情况之一者即可被诊断为AKI：
①48小时内Scr升高超过26.5μmol/L(0.3mg/dl)；
②Scr升高超过基线1.5倍——确认或推测为7天内发生；
③尿量＜0.5ml/(kg·h)，且持续6小时以上。

AKI分期标准：
分期	Scr	尿量
1期	升高为基线的1.5~1.9倍，或升高超过26.5μmol/L(0.3mg/dl)	<0.5ml/(kg·h) 持续6~12h
2期	升高为基线的2.0~2.9倍	<0.5ml/(kg·h) ≥12h
3期	升高为基线的3倍，或绝对值≥353.6μmol/L(4.0mg/dl)，或开始使用肾脏替代治疗，或患者<18岁且eGFR<35ml/(min·1.73m2)	<0.3ml/(kg·h) ≥24h，或无尿≥12h

结果解读	根据AKI分期的推荐处理如下：
相关解释	1.单用尿量改变作为诊断标准时，需要除外尿路梗阻及其他导致尿量减少的原因。2.指南推荐血清肌酐和尿量仍然作为AKI最好的标志物（ⅠB）。
参考来源	1. KDIGO Clinical Practice Guideline for Acute Kidney Injury. 2012.3. http://www.kidney-international.org2. 图片作者：大连医科大学附属第一医院 重症医学科 李青栋

AKI是MIMIC相关研究的常用指标，MIMIC数据库里面AKI诊断按照KIDGO指南，内容太多，今天这个只包括肌酐水平评估：

MIMIC数据库里面的基线值并不是一个固定的值而是动态的值。

主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。

labevents表里CHARTTIME表示测量时间，VALUENUM表示测量值。

icustays表里面intime和outtime分别表示出入ICU时间。

 两张表格根据subject_id这个患者唯一标识进行连接。

一、kdigo_creatinine.sql 提取入ICU前7天所有肌酐值

-- Extract all creatinine values from labevents around patient's ICU stay 从患者入住 ICU 期间的实验室事件中提取所有肌酐值
-- 提取入ICU前7天所有肌酐值
WITH cr AS (
    SELECT
        ie.hadm_id
        , ie.stay_id
        , le.charttime
        -- 如果同一个时间点有两个检查就取平均值
        , AVG(le.valuenum) AS creat
        -- 主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。
    FROM mimiciv_icu.icustays ie
    LEFT JOIN mimiciv_hosp.labevents le
        -- 使用subject_id连接表格
        ON ie.subject_id = le.subject_id
        -- 使用ITEMID 50912提取肌酐
            AND le.itemid = 50912
            AND le.valuenum IS NOT NULL
        -- 只包括＜150的肌酐值，超过为异常值    
            AND le.valuenum <= 150
        -- 提取范围是入ICU时间前7天。
            AND le.charttime >= mimiciv_derived.DATETIME_SUB(ie.intime, INTERVAL '7' DAY)
            AND le.charttime <= ie.outtime
    GROUP BY ie.hadm_id, ie.stay_id, le.charttime
)

-- -- 每个肌酐检查值之前48小时的肌酐最小值
, cr48 AS (
    -- add in the lowest value in the previous 48 hours
    -- 添加过去 48 小时内的最低值
    SELECT
        cr.stay_id
        , cr.charttime
        , MIN(cr48.creat) AS creat_low_past_48hr
    FROM cr
    -- add in all creatinine values in the last 48 hours
    -- 添加过去 48 小时内的所有肌酐值
    LEFT JOIN cr cr48
        ON cr.stay_id = cr48.stay_id
            AND cr48.charttime < cr.charttime
            AND cr48.charttime >= mimiciv_derived.DATETIME_SUB(cr.charttime, INTERVAL '48' HOUR)
    GROUP BY cr.stay_id, cr.charttime
)

-- 每个肌酐检查值之前七天最小肌酐值
, cr7 AS (
    -- add in the lowest value in the previous 7 days
    -- 添加前 7 天内的最低值
    SELECT
        cr.stay_id
        , cr.charttime
        , MIN(cr7.creat) AS creat_low_past_7day
    FROM cr
    -- add in all creatinine values in the last 7 days
    -- 添加过去 7 天内的所有肌酐值
    LEFT JOIN cr cr7
        ON cr.stay_id = cr7.stay_id
            AND cr7.charttime < cr.charttime
            AND cr7.charttime >= mimiciv_derived.DATETIME_SUB(cr.charttime, INTERVAL '7' DAY)
    GROUP BY cr.stay_id, cr.charttime
)

SELECT
    cr.hadm_id
    , cr.stay_id
    , cr.charttime
    , cr.creat
    , cr48.creat_low_past_48hr
    , cr7.creat_low_past_7day
FROM cr
LEFT JOIN cr48
    ON cr.stay_id = cr48.stay_id
        AND cr.charttime = cr48.charttime
LEFT JOIN cr7
    ON cr.stay_id = cr7.stay_id
        AND cr.charttime = cr7.charttime
;

二、kdigo_stages.sql 基线标准 

如何理解上面说的这个基线值是动态的？我们来看下kdigo标准的sql

CREATE MATERIALIZED VIEW work.organfailure_kdigo_stage_cr_only AS

SELECT
    cr.stay_id
    , cr.charttime
    , cr.creat_low_past_7day
    , cr.creat_low_past_48hr
    , cr.creat
    , CASE
        -- 3x baseline
        -- 7天内超过基线值3倍 
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 3.0) THEN 3
        -- *OR* cr >= 4.0 with associated increase
        -- 肌酐超过4mg/dl同时基线值1.5倍
        -- 或者
        -- 肌酐超过4mg/dl同时在48小时内增长超过0.3mg/dl（4-3.7）
        WHEN cr.creat >= 4
            -- For patients reaching Stage 3 by SCr >4.0 mg/dl
            -- require that the patient first achieve ...
            --      an acute increase >= 0.3 within 48 hr
            --      *or* an increase of >= 1.5 times baseline
            AND (
                cr.creat_low_past_48hr <= 3.7 OR cr.creat >= (
                    1.5 * cr.creat_low_past_7day
                )
            )
            THEN 3
        -- TODO: initiation of RRT
        -- 超过基线值2倍
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 2.0) THEN 2
        -- 48小时内Cr增长超过0.3mg/dl
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_48hr + 0.3) THEN 1
        -- 7天内超过基线值1.5倍
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 1.5) THEN 1
        ELSE 0 END AS aki_stage_creat
  FROM mimiciv_derived.kdigo_creatinine cr

 

 

我们来从organfailure_kdigo_stage_cr_only里面选取一个病人来看。

• stay_id:30013402

可以看出来，这个病人住ICU前七天到出ICU期间一共做了12次下肌酐，第3次肌酐前面两次肌酐分别为1.6和1.5，都是48小时内，所有48小时内基线和7天内基线都是他们中的最小值1.5，增加超过0.3，所以是AKI1级；第7次肌酐检查时，前48小时基线值和前7天基线值就不一样了，增长超过基线两倍，所以是AKI2级

我们看到在kdigo_stages.sql下还有提取尿量和CRRT的代码，感兴趣同学看这篇和后续文章，本章暂时不讲解

MIMIC-IV数据库，如何提取器官衰竭AKI的尿量指标？

三、（必看）官方代码里面存在的的问题！！！

我们看图中红框内的代码

在 KDIGO AKI 标准第21页（KDIGO-2012-AKI-Guideline， 后台回复 “KDIGO AKI 2012” 下载）中，AKI 第 3 阶段的定义是满足以下两个条件：

1. sCR >=4.0

2. sCR 增量 >=0.3 48h内 or sCR 基线* 1.5

然而，上述代码的逻辑是由固定数字3.7定义的。这是错误的定义，所以应该改为

 

CREATE MATERIALIZED VIEW work.organfailure_kdigo_stage_cr_only_2 AS
SELECT
    cr.stay_id
    , cr.charttime
    , cr.creat_low_past_7day
    , cr.creat_low_past_48hr
    , cr.creat
    , CASE
        -- 3x baseline
        -- 7天内超过基线值3倍 
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 3.0) THEN 3
        -- *OR* cr >= 4.0 with associated increase
        -- 肌酐超过4mg/dl同时基线值1.5倍
        -- 或者
        -- 肌酐超过4mg/dl同时在48小时内增长超过0.3mg/dl（4-3.7）
        WHEN cr.creat >= 4
            -- For patients reaching Stage 3 by SCr >4.0 mg/dl
            -- require that the patient first achieve ...
            --      an acute increase >= 0.3 within 48 hr
            --      *or* an increase of >= 1.5 times baseline
            -- 这行修改了代码
            AND (cr.creat >= (cr.creat_low_past_48hr+0.3) OR cr.creat >= (1.5 *cr.creat_low_past_7day))
            THEN 3
        -- TODO: initiation of RRT
        -- 超过基线值2倍
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 2.0) THEN 2
        -- 48小时内Cr增长超过0.3mg/dl
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_48hr + 0.3) THEN 1
        -- 7天内超过基线值1.5倍
        WHEN cr.creat >= (cr.creat_low_past_7day * 1.5) THEN 1
        ELSE 0 END AS aki_stage_creat
  FROM mimiciv_derived.kdigo_creatinine cr

查看筛选出来的数据是有很大差异的

该问题官方已经准备在下个版本修复

这是有道理的，对于初始肌酐为 4.0 或更高的人来说，这不会导致 AKI。我会尽快修复它，可能值得进行前后比较。