clustalw序列比对_你还在用ClustalW做多序列比对？OUT了

生物信息学跟计算机一样，更新换代都是比较快的，还不能说当年我们用的经典软件，可能在现代来说已经过时了，因而与时俱进对于生物信息人员来说是很重要的。

当我们尝试使用EBI上的在线工具ClustalW2进行比对时，我们发现他已经光荣的退役了。

网站推荐做蛋白序列的多序列比对建议使用Clustal Omega

(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)

做核酸序列多序列比对采用MUSCLE

(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/)

本文主要讲述ClustaW2的替代工具之一MUSCLE用法。

在线版本如上，非常简单，小编在此不做介绍。下面主要说一下Linux版本用法，方便对于大批量序列的快速比对。

下面是MUSCLE的主要参数：

可以看到两个主要的参数-in 和-out，分别是输入和输出。

基础命令：

muscle -in seq.fa -out seq.aligned.fa

muscle -in seq.fa -phyiout seq.aligned.phy(常用的构建ML进化树所采用的MUSCLE命令)

MUSCLE的所有输出格式见下面，只需要仿照上面的命令改成相应的输出参数即可。

-clwout filename CLUSTALW format. By default, will write MUSCLE as the program name in the file header. If the -clwstrict option is specified, then the program name will be written as "CLUSTAL W (1.81)". Th