2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

• 学习目标
  • 理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；
  • 描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；
  • 理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；
  • 理解关于基因组区域的MSA的几个问题。
• 6.1 引言
  • 本章探讨MSA的一般性问题
    • 介绍MSA的五种方法；
    • 认识用于MSA的数据库，比如Pfam；
    • 讨论基因组DNA的多重序列比对。
  • 多重比对序列的定义
    • 多重序列比对就是一组3条或者多条可以部分或整体相匹配的蛋白质（或核酸）序列。
    • 一个蛋白质家族不一定有一个“正确”的比对结果（β球蛋白与肌红蛋白，只共享25%的一致性，但三维结构却几乎一样）
    • 一个多重序列比对的特点是其具有氨基酸残基比对上的列，这种比对可以通过氨基酸残基的特性确定，比如：
      • 存在高度保守的氨基酸残基，如可以形成二硫键的半胱氨酸。
      • 存在保守的motif，如跨膜跨度或免疫球蛋白功能域。
      • 存在蛋白质二级结构的保守特征，如有助于形成α螺旋、β折叠或者过渡域的残基。
      • 存在显示了插入或缺失的一致模式的区域。