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很多医生在科研工作中需要用到一些分析工具,有一些是纯统计类的工具或方法,有一些也是计算机类的,但我们习惯把它们称作生物信息学方法。这背后蕴含一些数学原理,原理我们知道就行,会用就可以了。
小白我属于生物信息学专业道理都懂但是编程不太好的那类,我的课题没有经过太多锻炼(尴尬),所以我更喜欢用工具 不论是本地的还是在线的。
我哈尔滨医科大学的同学研发了一款工具盒,里面涵盖了几十种生信分析常用的小模块,感觉非常适合我,这个工具盒使用方式非常友好,我觉得也很适合临床医生等初学者入门。
因为关系比较密切,所以我第一时间就拿到了内测版。不过到我写文章时已经开始公测了,下载地址在这了:https://shengxin.ren/softs/Sanger_V1.0.8.zip
目前工具的稳定性还不错,在后台挂着也不会出现之前一直断线的问题
有些朋友可能还不知道SangerBox(中文名:桑格助手)是什么,它的前身是生信人工具盒,是一款具有多种生物信息分析+可视化作图+便捷数据下载功能的工具,据说使用量达到了50多万人次。为广大医生和生物信息科研学者提供了极大的便利。但是之前的工具盒也存在一些bug,有一些是架构决定的,很难再去优化。所以我们决定重做工具盒,把之前想做但是实现不了的功能加了进来。 (这段话是我的朋友产品经理让加的。。)废话不说,上图
这个工具有一个问题要注意:就是在使用之初要先配置环境,因为它调用的是本地的R程序,一次配置,全程使用。
下面这一段是公司给我的,这个很重要
1、工具盒下载输入下面链接地址:
https://shengxin.ren/softs/Sanger_V1.0.8.zip,将下载好的压缩包解压,为了避免后续出现异常,此处建议解压缩路径不要出现特殊字符及中文字符。解压完成后双击SangerBox.exe,如下图1红圈圈部分:
图1
双击后界面如下图2,注意第一次登陆需要一小段时间读取,等下片刻即好。
图2
2、工具盒环配置
点开升级界面,如果所示,如果出现新版本,即可点击最新软件版本进行升级。
第一次使用工具盒用户需要注意图3中红圈和蓝圈标注位置。
图3
首先红色圆圈标注位置会自动读取系统内已经安装的JRE环境,没有安装JRE的用户可以打开下面网址进行选择相应版本进行安装
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html
注意记下安装路径,如果重启sangerbox没有自动读取相应路径,需要手动添加步骤如下图4所示,点击选择JAVA,弹出一个文件选择框,输入之前java安装目录,找到bin文件夹下面的java.exe读入即可,如图5所示。
图4
图5
图6
接下来处理Rscript,也就是图3中蓝色圈圈,刚开始打开是乱码,这里操作同样如图4,点开选择Rscript,找到R安装路径,选择bin目录下的Rscript.exe,如图6所示。
暂时不建议一键安装java和R,由于安装位置不能确定,等待后面优化吧!!
完成上面所说配置后,就再也不用担心启动小工具出现报错啦!!!