linux安装vmd软件步骤,VMD软件使用指南.PDF

VMD软件使用指南

VMD 软件使用指南

2009 年7 月

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心

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目录

Tinker 软件使用指南1

目录2

1. 软件介绍3

2. 软件的安装与测试3

安装方法3

2.1 安装目录及安装信息 3

2.2 测试结果 3

3. 软件的运行使用方法6

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1. 软件介绍

VMD 是分子可视化程序，使用OpenGL 提供高质量的3D 分子图形。用于显示、动画

演示和分析大的生物分子体系。

VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as

proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general

molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained

structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple

points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon

drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular

dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external

MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote

computer.

2. 软件的安装与测试

安装方法

下载：/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

选择“LINUX_64 OpenGL, CUDA ”版(需要注册)

解压vmd-1.8.7beta5.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

进入解压目录，编辑configure ：

$install_bin_dir="/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin";

$install_library_dir="/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/lib/$instal

l_name";

生成makefile ：

./configure

安装：

make install

2.1 安装目录及安装信息

源代码位置: /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-src/

安装后可运成程序的目录为：/home_soft/soft/x86_64/a