vmd软件使用

软件介绍

这是参加 mathorcup数学建模比赛 时 官方提供的一个分子三维结构展示软件；

适用文件类型

VMD软件适用于 以后缀名 xyz 结尾的文件；

文件格式

以上图的 0.xyz为例：

注意：

• 原子个数n，能量值，以及n个原子的坐标这三个都是必须要有的，少一个都不能用VMD画出图；
• 上下原子个数要一致，不能上面写有21个原子，下面却只放20个原子的坐标，这样软件也不会显示结构图；
• 注意原子坐标的每一行前面都要加上原子类型，这里我是Au，金团簇

软件使用

软件下载链接：https://download.csdn.net/download/wyll19980812/16759262
安装后，直接打开该软件，然后把 .xyz文件拖到软件即可，或者直接用该软件打开文件；

一进去一般是这样子的：

就一些空间上的点，其它原子啊、他们之间的键啊都没有显示；

这都不重要，主要会用Graphics和Display就行：

调出原子和键

进入 Graphics 的 Representations：

• 点击Create Rep，创建两个图层（下面显示原子，上面显示键）
  

• 点击下面那个图层 修改 Drawing Method 为 Licorice；
  
  此时 软件中就会显示各个原子
  

• 然后点击第一个图层 修改 Drawing Method 为 DynamicBonds，根据距离动态成键；
  
  此时，一般软件的图像不会发生变化，但是你会发现窗口多了这几项：
  
  距离为1.6 表示 两原子间距离 <= 1.6 时，才会显示它俩之间的键；
  粗细就是调整键的半径；
  你可以把距离调大以显示出合理的键，然后为了美观把键的粗细度调细，比如我这里距离调成3.1，半径为0.1：
  
  结构就很明显了；

• 这里面的其它功能可以自己摸索，我暂时就用到这些；

调整背景和坐标轴

Display 的 Axes 就是调整坐标轴的位置，可以关闭；

Background就是调整背景色，比如我换成下面这个：