linux下载TCGA数据,TCGA数据库甲基化数据下载简单到爆

TCGA数据库甲基化数据的下载

1、登陆TCGA官网

2、选择下载DNA Methylation

3、选择癌症

4、添加到cart

5、点开cart就可以下载了

然后把得到cart文件和gdc-manifest文件放在同一个文件夹，然后按住shif键同时点击鼠标右键，点击“在此处打开命令窗口(shell)”如下图：

然后输入脚本(电脑要安装perl)命令;

perl gene_gdc.pl gdc_manifest_20190111_015855.txt(改为自己的manifest文件名), 然后按回车即可

待光标返回原来的目录即可得到结果

然后就可以得到基因在各个位点平均甲基化程度，然后可以分析了

上面的脚本是非卖品，购买SCI狂人团队VIP会员的朋友可以免费赠送~SCI狂人团队VIP会员。TCGA甲基数据是非常的，一般都是几十个G，对电脑配置要求非常高，即使有了脚本也很难提取出来，除非你的电脑够强悍。当然，也可以找我们帮忙下载和提取的，每种癌症的价格是500元(每人只限一种)，VIP会员可以免费获取2这种癌症数据，这样你就不需要担心数据下载不了，数据提取不出来，或者下载数据和提取数据需要几个星期。