傻瓜式快速下载TCGA数据(win x86版本)

1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件

TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址:https://portal.gdc.cancer.gov/

建议大家先从Exploration页面筛选数据再到Repository页面筛选,最后下载Manifest文件

1)Exploration:在页面右边勾选自己想要的数据,然后点击 view Files in Repository,跳转到Repository页面进一步筛选.

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2)打开购物车 点击Manifest下载:

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2、下载好的Manifest 打开软件傻瓜操作快速下载数据49b465d864617b5c711374252063ad6c.png

1)打开软件配置

2)下载

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3)体验速度(一分钟下载完100m文件)

c5f13bda8c93ca8e0aaf086b1a805e50.png速度比官网下载快了不知道几倍(之前下了2个小时)

4)下载好的文件

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大功告成!!!

获取软件需等资源上传完毕傻瓜式快速下载TCGA数据(winx86版本)-数据集文档类资源-CSDN下载

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R语言可以通过使用TCGA数据门户(TCGA Data Portal)的API接口来下载TCGA数据。以下是一个简单的步骤指南: 1. 首先,你需要在R环境中安装并加载相关的包以使用API。可以使用`install.packages()`函数安装`httr`和`jsonlite`包: ```R install.packages("httr") install.packages("jsonlite") ``` 然后使用`library()`函数加载这两个包: ```R library(httr) library(jsonlite) ``` 2.接下来,你需要查找你感兴趣的TCGA数据集和相关的API链接。例如,如果你想下载TCGA的癌症基因表达数据,你可以去TCGA Data Portal网站上找到对应的API链接。 3. 使用`GET()`函数通过API链接获取数据。你可以使用`content()`函数将返回的数据转换为R中的可用格式(如数据框)。 ```R response <- GET("API链接") data <- content(response, as = "parsed") ``` 4. 根据你的需要,你可以进一步处理和分析这些数据。例如,你可以使用R中的数据处理和可视化包(如`dplyr`和`ggplot2`)来进行数据清洗、转换和展示。 需要注意的是,下载TCGA数据可能需要一定的时间和资源,特别是对于大型的数据集。此外,你还需要对下载数据进行验证和质量控制,以确保数据的可靠性和准确性。 以上是一个基本的介绍和指南,希望能对你下载TCGA数据提供一些帮助。详细的操作和具体的代码可能因所需的数据和API链接而有所不同,请根据实际情况进行调整。

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