python pipline获取数据_python-2.7 – 从sklearn.pipeline.Pipeline获取转换结果

如果你想在管道的中间步骤上拟合和转换数据,那么重用相同的管道并且更好地使用你指定的新管道是没有意义的,因为调用fit()会忘记以前学过的所有数据.

但是,如果您只想转换()并在已安装的管道上查看中间数据,则可以通过访问named_steps参数来实现.

new_pipe = sklearn.pipeline.Pipeline([('transformer1':

old_pipe.named_steps['transformer1']),

('transformer2':

old_pipe.named_steps['transformer2'])])

或直接使用内部变量步骤,如:

transformer_steps = old_pipe.steps

new_pipe = sklearn.pipeline.Pipeline([('transformer1': transformer_steps[0]),

('transformer2': transformer_steps[1])])

然后调用new_pipe.transform().

更新:

如果您具有0.18或更高版本,则可以将管道内的非必需估计器设置为None,以将结果输入到同一管道中.它在this issue at scikit-learn github年讨论过

在您的情况下用于上述:

pipe.set_params(clusterer=None)

pipe.transform(df)

但请注意,可能会将拟合的clusterer存储在其他位置,否则在需要使用该功能时需要再次适合整个管道.

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data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for file1 in ${data_dir}/*.fasta; do for file2 in ${data_dir}/*.fasta; do if [ "$file1" != "$file2" ]; then touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \ export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \ nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \ delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \ dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \ show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \ show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \ show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \ show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \ perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ sleep 10 fi done done ,增加一个判断,使/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17路径下以.fasta结尾的文件两两一组不分前后只组合一次,然后再执行touch 后面的代码
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06-03

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