小分子php蛋白,小分子-蛋白相互作用关系——简单的docking介绍

前两天，老板突然QQ发了我一张截图

附言“糖苷类化合物涉及水解和二相代谢，原型成分很少”，然后我立马回“好的～我来关注一下，我之前看文章的时候注意到了，在中药给药到细胞的时候，是先给鼠吃药后取其血，以药物血清的形式给药，作用于细胞”，后来老板当面提点我“你研究一下小分子和蛋白binding吧”。呵呵，我。。日常误解老板的话。。我已经习惯了。

研究小分子跟蛋白的相互作用方法：平衡透析法？好像针对的是血浆蛋白吧，老板给我的几个靶蛋白是膜蛋白和胞内蛋白。so。pass。

请教师姐：分子间相互作用仪(推荐使用Fortebio分子间相互作用仪)，需要纯化蛋白和小分子，蛋白自己纯化的话，需要合成质粒，提取质粒，最后纯化，整个做下来估计也得三四千；如果买的话，更贵。仪器耗材更更贵，Fortebio的探针最小包装的价格在一万左右，不同探针，价格会不一样。你要买的话可以跟人家拼单。(我：告辞)

打蛋白质谱，但是风险很高，即使有结合，也很有可能测不到(我：告辞)。顺便提一下：如果没有候选蛋白的话，有DARTS和Pull down实验可以辅助找蛋白靶点。

那既然做实验很贵。。。那就来docking一下吧。。不然拿什么跟老板交代(拿什么糊弄老板。。)

网址：http://systemsdock.unit.oist.jp/ (竟然out of service，一个星期之前还是可以用的。。)

systemsDock搜索界面具有用户友好的GUI界面，用于分子制备，参数规范和结果检查。

基于网络药理学的预测和分析的网络服务器，它允许对接模拟和分子途径图，用于综合表征配体选择性和解释复杂分子网络上的配体作用；当然也是因为是网络服务器，最后docking是比较花时间的。

界面有介绍，所以真的很友好，but，刚刚截图的时候看了一眼，竟然out of service。哎(服务器检修吧，不会关门吧，那我白写了)。

好，不管。第一步，输入你的靶蛋白。

我一般用uniprot查询蛋白PDBID，输入PDB ID，这样比较准。(查询蛋白的网址很多：GenBank 、ChEMBL、PhosphoSitePlus等)。在uniprot中输入蛋白名称/基因名称，选择合适的(跟你实验条件最接近的那个)蛋白点进去，界面左侧栏直接点structure。

不同的PDB ID其实对应一篇文献，可以具体看看选一个，也可以全部都输入到systemsDock中去。

第二步，输入你的小分子。你可以自己画(比较新颖的分子，新的天然产物，新骨架什么的)，我一般是去pubmed用CAS号(要找对CAS号哦)搜索，下载2D/3D的SDF文件，再上传到systemsDock网站上。

第三步，就是等，就是点docking，不用填什么邮箱，直接run。(因为out of service，此步没有截图)。

结果：docking results。

对数柱形图：

纵坐标为实验离解/抑制常数(pkd/pki)的负对数，通常在0到10之间(即从弱结合到强结合)，可以直接指示结合强度。分子结合相互作用可以用二维/三维图形：

显示出来，用于结构研究，右侧栏可以看到蛋白不同的配体部位。(因为网站不可用，所以图9截的文献中的，sorry。当网站好用之后，夏老师觉得systemsDock不错的话，我建议还是用文献里面的图吧，我配的图比较low。邮件中所附文献)

可下载表格对接分数(csv文件)、对接姿势(sdf文件)、加工蛋白结构(pdb文件)和预测结合相互作用(png文件)。路径图(sbml文件、svg/png文件)可以保存(如果可用)。

意义：1.利用预测对接方法，systemsDock可以对大量目标蛋白进行检测，具有较好的预测精度。减少生物测定的试验次数。2.systemsDock结合精心设计的通路图，有助于全面描述候选药物的潜在机制，并解释其级联效应，提高对药物疗效和安全性的预测。

理论：受体蛋白理论预测方法都是建立在氨基酸的一级结构决定高级结构的理论基础之上的。借助计算机的高级运算能力模拟获得大分子结构等方面的信息，以及研究这些信息与生物功能之间的关系，为开展研究生物大分子性质和功能的试验提供理论数据。在很大程度上，受体蛋白空间结构决定其功能，因此如何从蛋白质立体结构的物质基础上来探索其功能显得格外重要。所以说对接试验的准确与否，关键就在于所构建的分子模型是否正确、准确。其次是受体蛋白质分子的柔性。大型的分子模型，尤其是受体蛋白的分子模型几乎不可能是完全刚性结构，即在很大程度上是可以进行形变的，但也不是说受体蛋白分子可以进行整体形状的改变。如果构建的分子模型过于简单，柔性的考虑不够充分，是不能成功地处理复合物形成中较大的构象变化，对接试验就会失败。

systemsDock针对蛋白和小分子，考虑到半柔性对接的范畴，当然这种情况下，计算的时间会很长，很长，很长。

最后推荐：分子对接软件(大分子与小分子)

1.AutoDock http://autodock.scripps.edu/ 主要应用于生物大分子与小分子配体

2.LeDOCK   http://lephar.com/ 快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质

3.AutoDOCK Vina  http://vina.scripps.edu/提高了结合模式预测的平均准确度，通过使用更简单的打分函数加快了搜索速度

4.rDock  http://rdock.sourceforge.net/  快速通用的开源对接程序，可用于小分子与蛋白质和核酸对接,它专为高通量虚拟筛选和结合模式预测研究而设计

分子对接辅助工具：Swiss-PdbViewer 分子结构预览及相关处理。

UCSF CHIMERA-an Extensible Molecular Modeling System 高度可扩展的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析，包括密度图，超分子组装，序列比对，对接结果，轨迹和构象集合。可以生成高质量的图像和动画。

OpenBabel，分子结构格式转换

投稿的心情：以上的内容相当于我最近针对研究课题做的功课整理了一番，还不是很熟练。整理的时候发现网站不能用了，很难受闹心。另：夏老师随便看看吧，因为网站现在不能用，可以当我没有投稿。哭泣。。