mega linux教程,linux下megax-cc的使用

1、下载

2、安装与卸载

###安装

cd megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb软件目录下

#ubuntu

sudo dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb

#centos

sudo rpm -ivh --replace-files megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb

###卸载

#ubuntu

sudo dpkg -r mega_package_name mega_package_name为安装程序文件的名称减去.deb扩展名

则此处mega_package_name为dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64

#centos

sudo rpm -e mega_package_name mega_package_name同上

3、使用

命令如下

megacc -a infer_NJ_nucleotide.mao -d Drosophila_Adh.meg -o demo

上述命令MEGA-CC将会运行Phylogeny | Construct/Test Neighbor-Joining Tree analysis，

使用Drosophila_Adh.meg序列，

生成两个文件，一个newick file (demo.nwk) with the newly created phylogeny，

另一个是a text file (demo_summary.txt) that contains a summary of the analysis，

该命令同样适用于megacc中的其它分析

megacc -h 可查看megacc中可用的选项

4、分析方法文件.mao的获取

蛋白序列、DNA序列以及建树基于的模型不同，具体的参数变换比较多，而linux下无法直接形成该文件，可以先借助Windows版megacc 先生成该文件。

Ⅰ、windows下安装MEGA-X cc

下载地址:https://www.megasoftware.net/

界面如图

Ⅱ、点击右下角prototype模式(analyze为正常使用模式)

如图

Ⅲ、

自行选择，然后点击OK

Ⅳ、在上方工具栏选择进化树构建：PHYLOGENY，并选择基于某个模型进行建树

此处以NJ法为例

Ⅴ、在弹出窗口中进行设置参数，注意序列类型，bootstrap等等，之后保存设置，即可生成后缀为mao的配置文件

该部分参考：https://www.omicsclass.com/article/568

5、若ubuntu下.deb软件安装报错

若运行上述安装命令时，报下图错误

可运行

apt-get install libgconf-2-4

倘若接着报下图错误

可运行

apt --fix-broken install

再次重新运行安装命令

sudo dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb

便可

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