【软件使用-MEGA】如何基于ML方法构建进化树

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在线说明书：

MEGAX-Help

特别提示：基于该方法软件提示输入需要是基因型 fa格式文件，故其它格式，如plink需要转换为 fa格式

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方法一：基于似然法构建进化树--Linux 步骤

step1: 基于windows输出.mao文件----输出保存即可

step2:  准备 fa 格式文件，进行进化树构建---生成 .nwk 文件

megacc -a infer_ML_nucleotide.mao -d vcf-plink.fasta -o mega

-a 构建进化树的参数 .mao文件

-d 输入的是多序列比对结果文件，可以是fasta格式

-o 输出

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方法二：基于似然法构建进化树--windows 步骤

step1: windows输入.fa文件

选择no

step3: 可以直接看见进化树了----导出nwk文件

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方法二：基于邻接法构建进化树--windows 步骤

导出NWK

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使用小细节：

1.修改名称

2. 翻转枝条

3. 输入文件类型不同，如是遗传距离文件--mao是对应的核酸序列文件，则会报错：解析数据或文件时出错