linux 两个序列比对,如何用COBALT构建本地的多序列比对（Linux系统）

COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT

1．登陆Ftp：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/，下载cobalt里的所有文件

ncftp /pub/agarwala/cobalt > ls

cdd.aux cdd.freq cdd.phr cdd.psd cdd.psq cobalt.linux README

cdd.blocks cdd.loo dd.pin cdd.psi cdd.rps patterns README.cobalt

2．设置全局变量：setenv COBALT ，这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3．准备你所要比对的蛋白序列(Fasta格式)

4．运行的代码如下($COBALT也可以用全路径代替)：

$COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \

-b $COBALT/cdd.blocks -i \

-p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5．输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明，用

$COBALT/cobalt.linux –help

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。