【二进制文件】MRC stack文件 转成 多个独立的MRC文件

mrc stack文件 转成 独立的mrc文件

MRC文件 和 MRC Stack文件 简介

MRC文件 是冷冻电镜电子显微图像中常用于数据处理的一种图像文件（二进制文件）可以存储二维和三维的图像。需要特殊的解码软件可以显示，如chimera，EMAN等软件。

MRC文件一般用.mrc和.mrcs后缀表示，其中.mrcs代表MRC Stack文件。

MRC stack文件 和MRC文件的唯一区别就是文件名的后缀不一样，实际上就是MRC文件。
后缀名加S的原因是为了将一系列的二维的MRC文件 集合存成一个MRC文件时，区别一般的MRC文件。
如此我们就知道mrcs文件里存的是一系列二维图像的集合而不是一个三维图像。

MRC文件/未经过motion correction的文件，在文献中也常用movie来表述，因为逻辑上很类似，movie本身也是一系列二维图片的集合，frames 多帧图像。

MRC的数据块逻辑：其实就是三维数组（x,y,z），对应三维图像；二维数组(x,y)，对应二维图像。而MRCs文件就是把多个二维图像（二维数组X，Y）集合写成三维图像（三维数组X，Y，Z 其中Z就对应二维图像的序号）。所以文件头和数据块都可以是一样的。

.mrcs文件转多个独立的.mrc文件

由于没有找的已有的程序可以处理我的需求，所以自己基于MRC文件的MRC/CCP4 2014 file format文档，解析二进制文件进行重写。

代码块

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Dec  6 21:06:55 2022

@author: anis
"""

import struct
import os

dir = cur_path = os.getcwd()
#=====================获取mrc文件的主头数据 头部固定1024字节或256个4字节===============
def getHeader(mrcFile):
    with open(mrcFile,"rb", ) as mrc:
         word1=mrc.read(96)
         value1=struct.unpack("24i",word1)
         ["NX","NY","NZ","MODE","NXSTART","NYSTART","NZSTART","MX","MY","MZ","CELLA1","CELLA2","CELLA3","CELLB1","CELLB2","CELLB3", \
          "MAPC","MAPR","MAPS","DMIN","DMAX","DMEAN","ISPG","NSYMBT"]
         
         mrc.seek(96)
         word2=mrc.read(100)
         value2=struct.unpack("25i",word2)
         ["EXTRA"]
         
         mrc.seek(196)
         word3=mrc.read(28)
         value3=struct.unpack("7i",word3)                  
         ["ORIGIN1","ORIGIN2","ORIGIN3","MAP","MACHST","RMS","NLABL"]
         
         mrc.seek(224)
         word4=mrc.read(800)
         value4=struct.unpack("200i",word4)        
    
    return value1+value2+value3+value4
       
#===================================获取data块数据================================ 
def getData(mrcFile,fmt,NZ):
    with open(mrcFile,"rb", ) as mrc:
        mrc.seek(1024)
        data=mrc.read(4*fmt*NZ)
        value=struct.unpack("f"*fmt*NZ, data)    
    return value

#============================将一个mrcs文件data数据写入多个mrc文件================================ 
def mrcs2mrc(originFile):
    header=getHeader(originFile)
    NX=header[0]
    NY=header[1]
    NZ=header[2]
    li=list(header)
    li[2]=1
    header=tuple(li)
    
    fmt=NX*NY   
    data=getData(originFile,fmt,NZ)       
    for Z in range(NZ):
        data_block=data[fmt*(Z):fmt*(Z+1)]
        with open("MRCdir/"+str(Z+1).rjust(2,'0')+"_"+originFile.split(".")[0]+".mrc","wb", ) as mrc:         
            header_packed=struct.pack("i"*256,*header)
            mrc.write(header_packed)
            data_packed=struct.pack("f"*fmt,*data_block)            
            mrc.write(data_packed)
            print(str(Z+1).rjust(2,'0')+"_"+originFile.split(".")[0]+".mrc  已写入")
    print("done!")        
    return 0
    
if not os.path.exists("MRCdir"):
    os.makedirs("MRCdir")
for root, dirs, files in os.walk(dir):                         
    for file in files:                                         
        (fileName, extension) = os.path.splitext(file)      
        if (extension == '.mrcs'):                    
            mrcs2mrc(file)
                  

MRC文件格式：

struct函数 unpack和pack（二进制数据转元组，元组转二进制数据）

用于处理二进制数据的struct函数, 数据格式的定义

• 示例

• 打印unpack的数据 控制台结果：
  (320, 320, 1, 2, -512, -512, -512, 1023, 1023, 1023, 1152248054)
• 打印pack的数据 控制台结果：
  b'@\x01\x00\x00@\x01\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\xfe\xff\xff\x00\xfe\xff\xff\x00\xfe\xff\xff\xff\x03\x00\x00\xff\x03\x00\x00\xff\x03\x00\x00\xf6\xe8\xadD\xf6\xe8\xadD\xf6\xe8\xadD\x00\x00\xb4

mrc文件中的数据块的数据类型是float32，4个字节，对应下表中的“f”

note

由于没有对文件头进行过多操作，所以getHeader中贪便宜，unpack的时候没有考虑数据类型，所有的都按照 “i” 类型unpack，后又按“i” 又原封不动的pack回去了。