SimpleITK 和pydicom, 读取dicom序列

我有2只猫

已于 2023-06-09 16:21:47 修改

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分类专栏： SimpleITK python 文章标签： python

于 2023-06-08 19:02:07 首次发布

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该代码示例展示了如何结合SimpleITK和pydicom库来读取DICOM序列。它首先定义了一个函数`read_dcm_by_instancenum()`，该函数接收一个目录路径作为参数，然后使用SimpleITK的`ImageSeriesReader`获取文件名，接着利用pydicom读取每个DICOM文件，并根据实例编号排序，最后返回按编号顺序排列的DICOM图像集合。

摘要由CSDN通过智能技术生成

SimpleITK 和pydicom, 读取dicom序列

import os
import pydicom
import sys
import SimpleITK as sitk

def read_dcm_by_instancenum():
	"""按照序列num　读取dicom序列"""
    series_dir = "/media/tx-deepocean/Data/DICOMS/demos/mra/CT437287/1.2.392.200036.9125.2.138612190166.20230531000172/1.2.826.0.1.3680043.10.498.2628487157865322590071382151070583474"
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(series_dir)
    print(names)
    dic = {}
    for name in names:
        ds = pydicom.read_file(name, stop_before_pixels=False, force=True)
        instancenum = int(ds.InstanceNumber)
        dic[instancenum] = ds
    images = []
    numbers = list(dic.keys())
    numbers.sort(reverse=True)
    for num in numbers:
        images.append(dic[num])
    return images