Colabfold安装和使用 安装mmseq2

啥是colabfold？
sequence–>pdb的预测工具，也是alphafold的简化版
colabfold和alphafold rossetafold的区别？
官方说法：https://new.qq.com/omn/20220531/20220531A01DN000.html
为啥要整一个colabfold？
说白了，alphafold需要大量的计算资源和存储资源，光是依赖的数据库就需要几个T，显卡啥的更是要求比较高，这个门槛显然是比较高的，很多人没办法在本地运行alphafold，这时候就开发了一个colabfold来帮助科研人在本地运行sequence–>pdb的预测；
除此以外，还有一个原因，Google的colab版的alphafold运行起来比较不稳定，而且跑起来比较慢，容易掉线，需要翻墙等等有一系列原因
如何使用colabfold？
colabfold官网：https://colabfold.mmseqs.com/
这里的500GB是指压缩包容量，根据readme文件的说法，可能解压后大概是900GB（我猜的），当然，也可以不整数据库，后边说安装的时候就会提到为啥不用整数据库
colabfold安装？
下载源码：https://github.com/sokrypton/ColabFold
把colabfold的项目源码放到一个固定的位置，然后搭建虚拟环境：

conda create -n colabfold python=3.8

激活环境：

conda activate colabfold

下面的就是readme自带的四条命令，这个按照顺序在虚拟环境中执行就可以

pip install "colabfold[alphafold] @ git+https://github.com/sokrypton/ColabFold"
pip install -q "jax[cuda]>=0.3.8,<0.4" -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_cuda_releases.html
# For template-based predictions also install kalign and hhsuite
conda install -c conda-forge -c bioconda kalign2=2.04 hhsuite=3.3.0
# For amber also install openmm and pdbfixer
conda install -c conda-forge openmm=7.5.1 pdbfixer

安装mmseq2：
源码：https://github.com/soedinglab/MMseqs2
安装mmseq2就用下边这条命令

conda install -c conda-forge -c bioconda mmseqs2

至此，环境已经搭好了，下面就可以运行
接下来就是运行了：

colabfold_batch <directory_with_fasta_files> <result_dir> 

这条命令就是colabfold给提供的一条，我们可以直接用这条命令直接预测，第一个参数就是fasta路径，第二个就是输出结果的路径。例如：colabfold_batch ./6LO2.fasta ./result 。6LO2.fasta这个文件，可以是单链，可以是双链，双链的话，就是一条一条跑的，最终能跑出来多个结果
如何跑复合物？
例子：XXXX:SSSSSSSSSS，就两条链中间加冒号就可以
mmseq2？
在colabfold的readme中，还有mmseq2这个注释，这个应该是单用的，不需要用在pdb prediction的过程中。我个人认为，如果想用mmseq2这个选项，可以直接按照mmseq2的官网的readme来，但是mmseq2那个官网给的只是单链的alignment，可能paired alignment并不好使；colabfold这个mmseq2是升级版，使用的也是去过冗余的数据库，具体效果我没用过，暂不确定，等用完了再来补；当然，如果只需要完成sequence–>pdb的预测，mmseq2前边的步骤就够用了