linux查看变量_Linux：脚本编程2/3：循环、变量索引

参考：生信技能树

if条件语句

if 条件语句的常见条件：数值判断、字符串判断、文件判断 

1。数值判断 ：

注意：中括号 内部有空格

判断1是否等于2

if [ 1 -eq 2 ] > then> echo 1=2> else> echo 1!=2> fi  #输完fi后，空格后回车，即运行

判断一下，判断上一句命令是否成功，成功就创建一个ok.txt文件

if [ $? -eq 0 ]> then> touch ok.txt> else> touch  false.txt> fi 

状态变量$? echo $?返回0 说明上一个命令运行成功

-eq 判断是否等于

查看是否生成了ok.txt文件，确实有

2。文件判断

判断ok.txt是否存在  -f ok.txt

if [ -f ok.txt ]> then> echo '存在'> else> echo '不存在'> fi 

3。字符串判断

for条件语句

done结尾

for i in 1 2 3 4 5> do> echo ${i} "欢迎你哦"> done 

批量创建/删除10个文件 file1, file2, ... file10

1到10 简写为1..10

for i in {1..10}> do> touch file${i}# rm file${i}> done 

可以把循环内容，先赋值

list="CDS exon gene start_codon stop_codon"for i in ${list}> do> echo "这是什么，这是 ${i}"> done

可以ls来循环

先创建10个file

touch file{1..10}

ls查看

查看file开头文件

ls file*

批量重命名文件

`ls file*` 反引号

for i in `ls file*`> do > mv ${i} ${i}.txt> done

mv ${i} 当i=1时，就是file1，

mv ${i} ${i}.txt 就是把file1命名成file1.txt

批量删除file开头文件

rm file*

while循环

同样先创建10个file文件

while循环重命名

ls file* | while read x # x是自定义变量 > do> mv ${x} ${x}.txt > done

查看readme.txt文件

cat readme.txt

cat readme.txt | while read x> do> echo 1 ${x}> done

这里${x}循环，当x=1，就是readme.txt的第一行内容，内容循环

练习

1。软件安装与环境变量：请安装一个二进制软件 bowtie2，包括下载、解压、调用 bowtie2 命令的帮助文档，修改环境变量 PATH。

不需要下载这个软件，因为服务器上已经有了，拷贝一份即可 /home/hcguo/tmp/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip

第一步把这个软件(目录已给)拷贝到 当前目录./

cp /home/hcguo/tmp/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip ./

ls查看确实有了这个zip安装包

unzip解压

unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip

查看一下

ls bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64

可以看到里面东西

pwd查看此时目录

复制这个目录下面有用

我们这里 添加环境变量

echo 'export PATH="/trainee/Aug9/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64:$PATH"' >> ~/.bashrc

激活一下

source ~/.bashrc #重新激活，才生效

查看帮助文档

bowtie2 --help

说明安装成功！

2。if 语句与状态参数：在上一题修改好了环境变量之后，回到家目录，再次调用 bowtie2 命令的帮助文档，然后使用 if 语句判断是否调用成功(提示：状态参数变量)，如果成功，输出：yes ，否则输出 no

状态变量$? echo $?返回0 说明上一个命令运行成功

-eq 判断是否等于

if [ $? -eq 0 ]> then> echo yes> else> echo no> fi

3。if 语句与自定义变量：

• 创建文件  file1

• 然后判断当前目录下是否有  file1  这个文件

• 如果是，输出：yes ；否则什么都不做

判断file1是否存在  -f file1

touch file1 #创建文件

if [ -f file1 ]> then > echo yes> else> echo no> fi

参数扩展：掐头去尾

赋值一串字符

adhfowe.adfhwe.ahfwo23

id=adhfowe.adfhwe.ahfwo23

掐头：一个#号，去最短

echo ${id#*hf}

{id#*hf} 

*是通配符，把前面hf出现最短的部分

掐头：两个##号，去最长

echo ${id##*hf}

删掉了hf出现最长的部分

去尾：一个%, 去最短的尾

echo ${id%hf*}

去尾：两个%%, 去最长的尾

echo ${id%%hf*}

把ad全部替换成AD

echo ${id//ad/AD}

如果只替换第一处就是，一个/

echo ${id//ad/AD}

4。创建 10 个文件 test_file_1 ~ test_file_10 ，使用循环语句(建议用 while read id)，将上面的 test_file_1 ~ test_file_10 进行重命名，如：test_file_1 改为 test_1

创建10个文件

touch test_file_{1..10}

ls查看

ls test_file*

while批量替换

ls test_file* | while read id; do  mv ${id} ${id//file_/}; done

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变量索引

赋值一个字符串

id=Data.tar.gz

展示多少字符

echo ${#id}

有11个字符

linux索引是从0开始的

从第3位到最后一位 {id:3}

echo ${id:3}

从3开始，后面一共取5位 {id:3:5}

echo ${id:3:5}

从第3位，取到倒数第二位：{id:3:-1}

echo ${id:3:-1}