网站克隆工具_科研|值得收藏的分子生物学必用工具（第二弹~）

Addgene网站发表的一篇博客，罗列了多个免费在线分子生物学相关工具网站，为分子生物学相关研究者们提供了巨大的便利和价值。

质粒图谱

这些工具用于查看、编辑或制作质粒图，但也可以任何DNA序列。

SnapGene Viewer: 免费查看质粒图谱和序列，付费版本提供更多用于质粒设计的工具。

Benchling: 绘制质粒图谱

Genome Compiler: 免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

Serial Cloner:免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

ApE (A plasmid Editor): 由犹他大学的M. Wayne Davis维护的工具，免费的，donation-based的质粒分析工具。

DNA/蛋白质数据库搜索和分析工具

Addgene's analyze sequence tool: Annotates features, BLASTs, aligns, digests, and translates a sequence. 

NEBCutter2:查找酶切位点

Webcutter 2.0:查找酶切位点

Addgene vector database:Find sequences for plasmids assembled from publications and commercially available sources, as well as those deposited with Addgene.

NCBI BLAST:在数据库中比较核苷酸或蛋白质序列

ExPASy translation tool: 使用六个ORF翻译DNA序列

UniProt:蛋白质序列和功能信息数据库

Codon optimization tool:工具的获得，需要设置IDT账号

DNA序列操作工具

在你分析一些DNA序列时，有时需要某种程度的删去或者改变，那下面这些工具可以给你提供一些帮助。

DNA sequence reverse complement tool: Enter a DNA sequence and the program will give you the reverse sequence, complement sequence, or reverse and complement sequence.

Filter DNA tool: Removes non-DNA characters, such as numbers and blank spaces, from the text of a DNA sequence, making it ready to copy and paste into other applications

引物设计工具

Many of the above-listed plasmid mapping tools have built-in primer design tools, but here are a few stand-alone sites for general primer design, as well as primer design for different cloning applications. 

Primer3 and Primer3Plus:常规引物设计。

Design primers for Goldengate cloning 

Design primers for In-Fusion Cloning

Design primers for Gibson Assembly and NEB HiFi DNA Assembly

OligoAnalyzer Tool from IDT: 用于发夹分析，Tm值分析以及引物二聚体分析和其他引物特征。

克隆连接反应计算器

可以计算出不同类型的克隆方法——restriction enzyme cloning, Gibson assembly, or In-Fusion cloning，所需的插入序列和骨架的数量。

NEB Ligation Calculator: 该工具适用于任何克隆方法。

In-Fusion cloning molar ratio calculator 

实验室数学计算器

可以帮助进行实验室的常用计算问题。

Molarity calculator

Promega's Biomath Calculators

Primer resuspension calculator  

DailyCalcs Science Calculator app for iPhone

每种工具网址请前往原文网站点击查看。

原文链接

https://blog.addgene.org/free-online-molecular-biology-tools

                                                                                                                                                       (来源：BioArt植物)