cordova 安卓文件多选_LAMMPS从研一到延毕：利用MS建模生成反应力场所需的data文件...

利用LAMMPS中自带的命令，很难生成比较复杂的模型，此时需要借助外部模拟生成data文件，如使用Materials Studio(MS)

新建项目

File→NEW... →3D ATOMISTICS

绘制环状结构

MS默认用点线表述分子形状

右键→Display style 选择Ball and stick(球棍模型) ，其中 Stickradius 为棍的半径，Ball radius 为球的半径

选择工具栏上的指针可以选中原子或键，按ctrl可以多选

选择Modify Bond Type 可以改变原子之间成键的类型，将上述三键改为Double Bond

选择Sketch Atom 绘制单个原子，选择绘制碳原子(按Esc可以在绘制结束后结束绘制)

再在刚刚绘制的碳原子上绘制一个氧原子，并将碳氧键改为双键

不同的原子会默认用不同的颜色表示

利用Clean工具可以将原子调整为合适的、合理的形状，利用Adjust Hydrogen工具可以给当前原子添加氢原子

Clean工具会调整键角和键长

绘制氧气

用同样的方法可以绘制出氧气分子

注意氧原子之间是双键

进行混合

利用Amorphous Cell Tools可以将生成的模型按一定比例混合

设置好各种分子的数量，和体系的密度，MS会自动生成一个盒子，盒子大小在窗口最后一行可以看见

此外，在导出数据之前需要添加势函数，选为cvff，charge选为 charge using qeq

得到混合模型

导出文件

File → Export

保存类型选择为car 和 cor

会得到一个car和mdf文件

在lammps中安装msi2lmp工具

工具所在目录如下：

进入src文件夹进行安装：

cd    src
make

安装成功之后如下：

进入frc_files文件夹，将MS导出的两个文件夹放入其中

执行命令：

./msi2lmp C7 -i -class I -frc cvff > data.C7

将C7换成你所生成的car文件的名字即可。执行上述命令之后，会生成两个文件：C7.data和data.C7，其中C7.data为所需的模型文件。（具体使用需要看手册）