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RSS订阅原创 蛋白活性位点确定
确定蛋白质的活性位点（active site）是和药物设计中的一个关键步骤。活性位点是蛋白质表面上的特定区域，它与配体（如底物、抑制剂或酶的抑制剂）有特异性的相互作用。
2024-05-21 17:25:29
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转载 Gromacs 命令解释（转载凯算计算）
1. gmx make_ndx2.gmx insert-molecules3.gmx hbond4.gmx rdf5.gmx sasa
2024-05-17 11:40:46
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原创 MLIP-3主动机器学习方法探索
Cu_1620.data：LAMMPS的初始文件需要搭配in文件一起使用。VASP/文件夹（里面的文件就是满足完成一个POSCAR的AIMD模拟）in.my：LAMMPS的初始文件需要搭配data文件一起使用。README.md：解释文件，解释各个文件的功能以及操作流程。run_vasp.sh：提交任务的脚本文件。此文件中包含15个文件，逐个分析他们的功能。sub.sh：提交脚本任务的脚本。auto.sh：执行最主要的文件。
2024-05-08 17:41:27
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原创 蛋白质/聚合物防污的机器学习(材料基因组计划)
其二：描述符，对于描述符的选取也十分重要，好的描述符能够准确简洁的描述好想要研究的性质，不会出现过拟合或者欠拟合的状态。其三：拟合函数。拟合函数也不是越复杂越好，一个合适的拟合函数，能够准确的描述想要研究的性质，最好具有迁移性以及扩展性。如果能够准确的解决以上三个重点，发一篇好的文章肯定是志在必得的事情。一、数据数据质量是ML模型的基石，它直接影响模型的性能和应用。因此，在ML建模之前收集可靠的数据非常重要。数据集通常由因变量和自变量组成。
2024-05-06 17:44:22
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原创 不饱和脂肪酸的综述
不饱和脂肪酸是一类脂肪酸，其碳链上存在双键（不饱和键）。单不饱和脂肪酸（Monounsaturated fatty acids，简称MUFA）：单不饱和脂肪酸含有一个碳链上的双键。最常见的单不饱和脂肪酸是油酸(ω-9系列)（Oleic acid），它在许多食物中广泛存在，如橄榄油、花生油和牛油果。多不饱和脂肪酸（Polyunsaturated fatty acids，简称PUFA）：多不饱和脂肪酸具有两个或两个以上的碳链上的双键。根据最靠近甲基端的双键位置，可以将多不饱和脂肪酸进一步分为。
2024-04-15 17:11:03
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原创 1.1 初步学习PLUMED
PLUMED 是一个插件，可以处理大量分子动力学代码。它可用于即时分析动力学特征或执行各种自由能方法。PLUMED 还可以用作，对以大多数现有格式保存的轨迹执行分析。
2024-03-12 11:33:20
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原创 LigParGen软件生成小分子力场的用法
LigParGen的功能：能生成一下软件用的小分子立场一般生成Gromacs的top力场是基于OPLS-AA力场用法：输入的文件必须是Chimera软件打开后重新保存为pdb的文件，否则不会识别。
2024-03-11 10:22:16
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原创 Gromacs通过charmm力场生成小分子top文件
然后报错：gmx pdb2gmx -f toluene.gro -o toluene.gro。通过PDB结构文件去生成top力场。
2024-03-06 17:19:29
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原创 Stable Diffusion安装下载教程
2023年最新Stable Diffusion下载+安装+使用教程（超详细版本），学不会你找我_stable diffusion安装包-CSDN博客下载地址：夸克网盘分享
2024-01-17 17:09:19
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原创 Groamcs中能量最小化能量收敛不了！
2.能量最小化的时候，Steep和cg反复的优化。1.把盒子边长设置大一点，留一些冗余的空间。查看原因是应为Lj（SR）的能量太大了。
2024-01-08 15:41:36
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原创 [Lammps] 用msi2lmp命令转换.data文件遇见的问题
一般在Lammps安装包文件夹的：/software/lammps-23Jun2022/tools/msi2lmp/frc_files。通过MS保存为car文件，执行命令：./msi2lmp.exe SWNT-3 -frc cvff -i > SWNT-3.data。是无法获得力场参数，但是如果只为了获得键连参数的话没有问题。如果要获得参数，可以阅读文献找到力场参数。把参数为0的改成力场参数。
2023-12-21 10:15:04
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原创 VASP.6.3.0-GPU版本安装报错
另外,module是Linux系统上用于加载和管理模块的命令,但是大多数的发行版中并未默认安装,因此在加载过程中可能会遇到。目录下,其中会有一个以你所安装的sdk版本命名的modulefile,我这里是22.5,然后需要。的报错,需要用root权限来安装,CentOS为。发现已经可以找到nvfortran编译器了.命令会发现无法找到nvfortran编译器。启用module命令,如果是csh则用。,安装完成后,重新打开一个终端或者。modulefile文件位于。
2023-12-16 20:46:39
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原创 Gromacs中遇到的各种报错以及警告合集
原因：CA N2 H3定义了两遍在forcefield.itp和ffbonded.itp文件中。解决方法：注销ffbond.itp中的此键。
2023-12-08 22:39:18
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原创 解决lammps运行报错：Cuda driver error 4 in call at file ‘geryon/nvd_device.h‘ in line 429.
### 这是一个非常难得问题折腾了好久也一直没有解决，今天准备花一天的时间来解决分析：这明显是一个驱动的安装问题, 我的驱动是528.24，准备升级到545.29升级驱动以及cuda版本之后如下所示（GPU版本4070ti）其中：4070ti的CUDA架构是应该选择：CUDA_ARCH = -arch=sm_89，才能发挥全部的性能安装过程报了一个小错误：make: *** [Nvidia.makefile:58: atom_cubin.h] Error 1解决方法：vi Makefile.mpi更改下面的
2023-12-04 15:52:42
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原创 该项目包含LAMMPS中使用的不同合金元素的势能文件。
adp ADP angular dependent potentialairebo AI-REBO and REBO potentialsbop.table BOP potential, tabulated formcdeam concentration-dependent EAMcomb COMB potentialcomb3 COMB3 potentialeam embedded
2023-11-24 11:32:01
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原创 lammps运行报错以及GPU的效率测试
报错三：mpirun -np 4 lmp_mpi -in **_**_ev.in1 >out.log CPU可以运行。GPU：1个（80%利用率）运行时间： 0:01:49。GPU：1个（87%利用率）运行时间： 0:01:41。GPU：1个（80%利用率）运行时间： 0:01:47。GPU：1个（39%利用率）运行时间： 0:03:23。GPU：1个（37%利用率）运行时间： 0:02:09。GPU：1个（40%利用率）运行时间：0:05:48。解决方法：提交命令加入neigh no。
2023-11-23 20:53:32
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原创 lammps-GPU安装遇到的报错问题
报错：In file included from lal_device.h:19,解决方法：apt-get install mpich。解决方法：apt-get install mpich。
2023-11-23 11:41:46
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原创 报错问题mpif90：ptmc.for:11: Error: Can‘t open included file ‘mpif.h‘
解决方法:目前还没有找到。
2023-11-22 15:57:21
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空空如也
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