python 生信分析_用python做生物信息数据分析（2-pysam）

写perl的思维，可能确实不能拿来学python。毕竟，python的裤子有很多。面向对象的语言，如果不好好穿裤子，怎么找对象？。手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam文件。当然，如果有可能的话，还需要对SAM或者BAM进行排序！

这个事情我在java写过，but，最后效率不如htsjdk，故最后还是打包了htsjdk。吸取这个教训，使用python的时候。第一步，先用pysam。

pysam的下载与安装

此处，直接接上一个推文，从pycharm中，右击某个项目，就可以直接打开terminal

image.png

在网络畅通的情况下，使用pip安装pysam(其实我也不知道，windwos下是否可以)

pip install pysam

很遗憾，安装失败了。各种报错，不忍直视。

百度 google 搜索了一下，发现，似乎pysam不能直接安装，同时似乎有一个解法

https://pypi.org/project/pysam-win/

pip install pysam-win

OK。似乎这样就安装好了。可以在windows下愉快地使用python处理SAM/BAM文件了。

pysam的使用与目标

从文档来看，pysam的速度应该不会慢，毕竟是**a lightweight wrapper of the htslib C-API.

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随后࿰