animated bar chart race下载_Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

作者：中科院微生物所 陈亮博士

本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。

软件安装(装过请跳过)

Java安装

Cytoscape的使用需要依赖Java环境，根据不同的版本选择相应的Java程序，Cytoscape 3.4.0使用Java8，不再支持Java6和Java7。不同操作系统选择相应的Java版本下载安装，详见 https://www.java.com/zh_CN/ 。

Cytoscape安装

Cytoscape 同样有适用于不同操作平台的版本，安装方法不尽相同。所有的版本都可以从 http://cytoscape.org/ 网站下载。Windows系统下双击exe应用程序开始安装；Linux和Mac OS X系统运行sh文件安装。

打开Cytoscape

本文以Cytoscape_v3.4.0为例，不同版本操作类似，略有不同请自行按思路进行修改进行。

1. 打开cytoscape并载入一个网络。

从主菜单选择 File → Import → Network → File…, 然后选择安装文件夹下的sampleData文件夹里的galFiltered.sif数据并载入。

2. 采用Network Analyzer产生一些节点或边的统计量。

从主菜单选择 Tools → Network Analyzer → Network Analysis → Analyze Network…, 最后点击 OK。计算结果将以常规表格的形式展示在结果部分。此部分也可以根据自己需要导入Node信息表格。

3. 制作一个新的Style。