Figure 1 Cytoscape软件制作的蛋白质互作网络图(官网展示图片)
Cytoscape是一个开源的软件平台,用于图形化显示蛋白质互作网络数据并进行分析和编辑(Figure 1)。它支持多种网络描述格式,也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入,或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。它还能够为网络添加丰富的注释信息,并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件,针对网络问题进行深入分析。
Cytoscape对非盈利性客户免费,在他的官网(http://www.cytoscape.org/download.php)上即可下载。目前windows平台的最新版本为3.2.1(有64位和32位两个版本),另外也有Mac OS X和Linux平台的对应版本。
该软件的运行同样首先需要Java虚拟机环境(6.0以上版本,可在此处获得http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html)。下面介绍Cytoscape3.21(windows-64bit)的安装流程。
Figure 2双击安装包,进入软件的安装向导,直接Next
Figure 3接受许可协议才能Next
Figure 4选择安装路径,安装需要的空间不多,默认路径就好。
Figure 5选择是否让软件默认关联*.cys文件类型,当然同意了。
Figure 6 Next后即开始安装
Figure 7几秒钟就finish了,还是蛮快的。
Figure 8它不会在桌面生成程序的快捷方式,从开始菜单中查找并首次运行软件时需要初始化OSGi container。OSGi:Open Service Gateway Initiative,一个基于Java语言的软件服务(业务)规范,其核心是一个框架 ,其中定义了应用程序的生命周期模式和服务注册。基于这个框架定义了大量的OSGi服务:日志、配置管理、偏好,HTTP(运行servlet)、XML分析、设备访问、软件包管理、许可管理、星级、用户管理、IO连接、连线管理、Jini和 UPnP。
Figure 9软件准备好后就会出现一个欢迎界面,开启蛋白质互作网络分析之旅的起点。