conda create出现连接问题_处理conda安装工具的动态库缺失问题

这篇博客讲述了在使用conda创建环境并安装软件时遇到的动态库缺失问题,特别是安装lefse软件时,遇到libiconv.so.2、libicuuc.so.54和libtinfow.so.6等库的缺失。作者通过搜索和尝试,找到了通过调整conda频道顺序和安装对应频道的ncurses来解决问题的方法。最终,通过将bioconda设为首选频道成功解决了问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

conda的确是一个非常好的工具,对于初学者而言,安装软件就跟用apt/yum软件管理器一样方便。但软件安装后有时会出现的动态库缺失的问题。

以安装软件lefse(https://bioconda.github.io/recipes/lefse/README.html)为例:

首先我设置/添加频道(这个添加顺序是错误的,所以导致后续报错,正确方法见解决方法2):

[root@localhost soft_backup]# conda config --add channels defaults

Warning: 'defaults' already in 'channels' list, moving to the top

[root@localhost soft_backup]# conda config --add channels conda-forge

[root@localhost soft_backup]# conda config --add channels defaults

Warning: 'defaults' already in 'channels' list, moving to the top

[root@localhost soft_backup]# conda config --add channels bioconda

[root@localhost miniconda2]# more ~/.condarc #频道顺序

channels:

- bioconda

- defaults

- conda-forge

[root@localhost soft_backup]#conda create -n lefse lefse

Solving environment: done

## Package Plan ##

environment location: /share/soft/miniconda2

added / updated specs:

– lefse

The following packages will be downloaded:

package                        |  build

—————————–    |—————–

expat-2.2.5                     | he0dffb1_0 186 KB

pyqi-0.3.2                        | py27_0 57 KB              bioconda

ncurses-5.9                     | 10 904 KB      

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