python生物信息_生物信息Python从入门到精通

编者注：本文来自生信编程直播课程讲师投稿，点击阅读原文可以跳转到大神的博客，欢迎点击！

以下为文章全文：

Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。

一、入门标准

入门比较难定义，什么程度才算入门呢？

掌握基本的语法，熟练使用python的内置类型、内置函数和数据结构。

了解一些基本的模块的使用，能够实现一些简单的需求。

后面有一个实例，如果你能简单的做完，那我敢肯定你已经入门了。

二、基本知识点

1.基本语法

缩进：Python是通过代码缩进来决定代码层次逻辑的，一般约定使用4个空格

版本问题：主要包括2.x系列的和3.x系列的，两者语法不同且不兼容，有的模块只能在指定版本下安装。建议使用3.x Python，碰到特殊问题再去使用指定版本

文件编码声明：python会去环境变量里寻找python解释器。如果代码里有中文，则要以utf-8编码

#!/usr/bin/env python

#-*- coding: utf-8 *-

变量定义：使用前要先定义

dir()：列出一个数据类型或对象的所有方法，非常好用，同help()

文件操作：f = open()，f.close()；with open() as f: ，os.path.exists()，os.path.isfile()，os.path.abspath()

目录操作：os.mkdir()，os.rmdir()，os.listdir()，os.chdir()

开发环境选择：

Sublime Text 对Python支持挺好，轻量级生化武器(推荐)

Eclipse Pydev比较厚重，大型开发比较适合

Vim/Atom

PyCharm

IPython

WingIDE

2.处理数据

2.1 基本数据类型：布尔；整型；浮点型；字符串

# 字符串的内置函数，都比较有用

'capitalize','casefold','center','count','encode','endswith','expandtabs','find','format','format_map','index','isalnum','isalpha','isdecimal','isdigit','isidentifier','islower','isnumeric','isprintable','isspace','istitle','isupper','join','ljust','lower','lstrip','maketrans','partition','replace','rfind','rindex','rjust','rpartition','rsplit','rstrip','split','splitlines','startswith','strip','swapcase','title','translate','upper','zfill'

2.2 基本数据结构：列表、元组、字典、集合。

数据结构就是一种容器，用于在内存中存放我们的数据。

列表：任意元素组成的顺序序列，以位置为索引。

# 列表的内置函数

'append','clear','copy','count','extend','index','insert','pop','remove','reverse','sort'

元组：相当于不可变的列表，防止错误修改，节省内存开销。元组解包

# 元组的内置函数

'count','index'

字典：键值对，没有顺序，键必须是常量。

# 字典内置函数

'clear','copy','fromkeys','get','items','keys','pop','popitem','setdefault','update','values'

集合：没有顺序，元素之间没有重复，相当于舍弃了值的字典。集合操作(

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