python 生物信息学_生物信息学算法之Python实现

众所周知 基因组的核酸链不可能是随机形成的。有时候许多物种基因组之间 存在一些保守序列 motif 这意味着它们可能具有重要功能。但是 我们如何确定这些序列不是随机形成的 DNA 片段呢一个常识是 越短的序列越容易随机形成 越长的序列

众所周知，基因组的核酸链不可能是随机形成的。有时候许多物种基因组之间，存在一些保守序列(motif)，这意味着它们可能具有重要功能。但是，我们如何确定这些序列不是随机形成的 DNA 片段呢？

一个常识是：越短的序列越容易随机形成，越长的序列越难随机形成。如何对随机形成序列的概率进行量化，以及如何确定容易和不容易随机形成的序列的长度的阈值呢？这篇文章将对这个问题进行探索。

给定： 一段 DNA 序列，以及一系列假定的 GC 出现的概率。

需得： 在特定 GC 出现的概率的情况下，得到一条与给定 DNA 序列 GC 含量相同的序列的概率，并且将概率值取对数输出。

示例数据

ACGATACAA

0.129 0.287 0.423 0.476 0.641 0.742 0.783

示例结果

-5.737 -5.217 -5.263 -5.360 -5.958 -6.628 -7.009

Python 实现

本题思路参考自下述博客：

Rosalind – Introduction to Random Strings[1]

因为 DNA 有 4 种碱基，每一个位置都有 4 种可能。如果每一种碱基出现的概率都是 25%，那么一个 9bp 的序列，共有 4·4·4·4·4·4·4·4·4 = 49=262144 种可能性。但现在我们假定 GC 出现的概率是 0.129 而不是 0.5