python cox模型_Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化

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更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货。

Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示。

之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化,本文将简单的介绍如何使用R-survminer包绘制Cox生存分析结果的森林图。

一 数据准备

本文同样使用上次的TCGA-LIHC队列的临床数据

#载入R函数包

library(survival)

library(survminer)

## 读取LIHC数据

LIHC

head(LIHC)

二 构建COX回归模型

对LIHC队列进行Cox回归分析,时间变量是time,结局变量是status,自变量选择 age,gender和 grade,结果如下:

#构建模型

model

model

好吧,虽然不显著,但是不影响后续森林图的绘制。

三 绘制森林图

1)ggforest绘制基础森林图

#基础森林图

ggforest(model, data = LIHC)

只需cox回归模型以及

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