foreach用法_R语言--并行计算包（parallel、foreach）

最新推荐文章于 2023-09-12 18:17:38 发布
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R语言是单核计算语言，在数据建模或计算过程中，常常出现相同或相似任务的重复计算，一般操作是for循环处理或采用apply族函数处理，为了更快完成计算，采用并行计算是更优的选择。

本文采用R语言中的parallel包与foreach包实现并行计算，并针对单变量并行和多变量并行计算这两个常用场景做了函数封装。

0.环境&软件

  • win10 64bit
  • R 3.6.1

1.安装包

install

2.单变量并行

单变量并行计算，是最常见的应用场景，函数的动态参数只有一个，对动态参数进行遍历计算。采用parallel包实现。

#

其中，第4步比较重要，表示向每个进程的R session传入被并行函数和一些全局变量。

3.多变量并行

多变量并行，是另一个常见的应用场景，是单变量并行的一个拓展，可以理解为mapply函数的并行版本，多变量并行允许传入多个动态参数，采用foreach包实现。

#

4.结果展示

测试single_parallel和multi_parallel函数，代码以及结果如下。

#

结果：

b95fb2b3ff8fc3d196c90eedad82dd82.png

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weixin_39618275
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R语言 foreach并行执行求两两基因之间的功能相似度
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file里面是基因以及对应的功能，要计算两两基因间的功能相似度，普通for循环太慢了，故用foreach并行操作： library(GOSemSim) library(data.table) library(org.Mm.eg.db) library(foreach) library(doParallel) getDoParWorkers( ) #查看注册了多少个核，配合doMC package中的registerDoMC( )使用 getDoParRegistered( ) # 查看doPar是否
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#R语言# 并行计算-foreach
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最近经常要用R跑程序，每次都要跑好久- -。不加并行，CPU利用率实在低。在此记录下相关的语句。 先导入相关包 library(foreach) library(doParallel) library(parallel) no_cores <- detectCores(no_cores) - 1 # 检测核数，并设置使用的数量 cl = makeCluster(no_cores); ...
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R语言并行计算foreach %dopar% 老师给了个代码，里面有doMC这个包需要加载，之后不管怎么下载都下载不下来。其实应该是因为系统的原因，老师是苹果的系统，我们是windows。 在windows里面用 doParallel包就可以了。在使用doParallel的%dopar%,之后报了个warning Warning message: executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered 这需要进行下简单设置就可以了，
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R︱foreach+doParallel并行+联用迭代器优化内存+并行机器学习算法
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