R语言 foreach并行执行求两两基因之间的功能相似度

hyena_7

已于 2022-05-09 10:03:25 修改

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分类专栏： R 数据分析文章标签： r语言

于 2022-05-07 13:57:31 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/watermel__/article/details/124629046

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本文介绍如何使用R语言的foreach包进行并行计算，以加速两两基因间功能相似度的求解过程，针对大量基因数据，传统for循环效率低下，通过并行化处理能显著提升计算速度。

摘要由CSDN通过智能技术生成

file里面是基因以及对应的功能，要计算两两基因间的功能相似度，普通for循环太慢了，故用foreach并行操作：在这里插入图片描述

library(GOSemSim)
library(data.table)
library(org.Mm.eg.db)
library(foreach)
library(doParallel)

getDoParWorkers()
detectCores()
registerDoParallel(4)

getDoParWorkers( )    #查看注册了多少个核，配合doMC package中的registerDoMC( )使用
getDoParRegistered( ) # 查看doPar是否注册；如果没有注册返回FALSE
getDoParName( )       #查看已经注册的doPar的名字
getDoParVersion( )    #查看已经注册的doPar的version



file <- read.table('human_mus_bpgo_reviewed.txt',sep=',')

final_res <- list()
m