假设有reader1 和reader2,分别对一定数量病人的某一影像指标进行评分,现在想看一下这两位研究者评分的一致性,绘制Bland-Altman图是一种较为直观、简单的方式。代码实现方法如下:
显示分组信息的B-A plot
library(BlandAltmanLeh)
library(ggplot2)
reader1
reader2
# bland.altman.plot(reader1, reader2) #普通B-A plot
MVI
ba.stats
plot(ba.stats$means, ba.stats$diffs, col= MVI,
sub=paste("critical difference is", round(ba.stats$critical.diff,4)),
main="Bland-Altman Plot", ylim=c(-0.6,0.6), pch=18-MVI)
abline(h = ba.stats$lines, lty=c(2,3,2), col=c("lightblue","blue","lightblue"),
lwd=c(3,2,3))
legend(x = "topright", legend = c("MVI-","MVI+"), fill = 1:2) # 这里的fill和MVI里的值对应
# Notes: MVI里赋值时不要赋0和1,因为他们代表黑和白,图片上显示不出来