gephi生成网络关系图_SparCC的微生物网络构建示例

最新推荐文章于 2024-08-30 00:27:26 发布

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文章标签： gephi生成网络关系图

本文介绍了如何使用SparCC在Linux环境下构建微生物共发生网络，包括安装SparCC、计算相关矩阵、获得自举分布、计算伪p值，以及如何基于R和igraph筛选、转换网络，最终使用Gephi进行网络的统计分析和可视化。

摘要由CSDN通过智能技术生成

SparCC的微生物网络构建示例

续前文“微生物共发生网络 ”，本篇继续简介 SparCC的网络构建方法。基于高通量测序的技术，例如 16S rRNA 分析，为阐明天然微生物群落的复杂结构提供了便利。对于识别群落中微生物相互作用，基于物种丰度组成数据的相关性分析是一种常见方法，但是这种分析可能会产生与真实情况相违背的虚假关系，归因于测序获得的物种丰度或基因丰度等很难绝对定量。群落多样性是调节这种组合效应的剧烈程度的关键因素，为此 SparCC 方法被开发出来，它能够根据成分数据估算相关值( Friedman and Alm, 2012 )。已经表明， SparCC 是一种适合测序数据特征的新颖方法，可以推断物种或基因之间的相关性，以及构建微生物物种或基因功能相互作用网络。接下来展示 SparCC 工具计算相关性的方法，并通过相关矩阵构建关联网络。

SparCC安装

在该链接中访问SparCC资源，下载程序及查看操作文档：

https://bitbucket.org/yonatanf/spar c c/src/default/

在Linux平台下，命令行操作如下。

#克隆库
hg clone https://bitbucket.org/yonatanf/sparcc
#添加环境变量(例如我将 sparcc 存放至 /home/ly/software/sparcc/)
export PATH="/home/ly/software/sparcc/:$PATH"
#添加可执行权限
chmod -R 755 /home/ly/software/sparcc/
#sparcc 需要 python2 环境支持(python3 不行)
#如果出来帮助选项就代表成功了
#若提示缺少 python 模块(numpy、pandas)，额外安装下即可
SparCC.py -h