csv转为矩阵 python_超简单python脚本实现从resfinder+blast下机数据到csv抗性基因矩阵...

今天还是在做张阿姨的项目，还是那100多个菌，她说要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名与权威的的细菌抗性基因库自然肯定是resfinder了。

for i in $(cat list); do echo i; mkdir ${i}_re; python resfinder.py -i ${i}_new.fa -o ${i}_re -p resfinder -t 0.95 -l 0.90 > ${i}_out; done

写个循环，刷刷弄完真开心。

问题来了！

图片.png

生成的json结果的命名全是一样的！都是data_resfinder.json

只有生成的目录文件名不一样，噢不。怎么办。

图片.png

机智的我们来看看resfinder的py脚本。噢一千多行，放弃！好吧其实我还是找到了他的输出指令。想想算了我要做矩阵它json我还是要处理的。一步到位吧，直接用我们">"出来的result文件处理好了！

应该是输出文件指令吧。。。

我们来看看输出的result是什么样子的：

图片.png

前面一千多行的废话。要的只是这几个字符

图片.png

那就easy了！