linux非权限安装bioperl,Bioperl安装

Bioperl 由于涉及到的包太多，需要超过12000的单独的检测，安装起来比较麻烦，而且很多检测都通不过，对于新手过于繁杂，现在bioperl官网介绍了一种简单快速安装的方法————用第三方工具进行安装，经亲自测试，效果非常好，现简要介绍而下。

1 安装perlbrew(https://perlbrew.pl/)

在终端输入

curl -L https://install.perlbrew.pl | bash

curl -L https://install.perlbrew.pl | bash

如果系统没有curl命令

对于linux系统

wget -O - https://install.perlbrew.pl | bash

wget -O - https://install.perlbrew.pl | bash

FreeBSD系统

fetch -o- https://install.perlbrew.pl | sh

fetch -o- https://install.perlbrew.pl | sh

也可以用cpan安装，在终端输入(注意不需要先打开cpan)

sudo cpan App::perlbrew

perlbrew init

sudo cpan App::perlbrew

perlbrew init

如果是用cpan安装，perlbrew程序安装在/usr/bin/perlbrew 或者 /usr/local/bin/perlbrew，默认的perlbrew的根目录是~/perl5/perlbrew 。

2 安装cpanm

perlbrew install-cpanm

perlbrew install-cpanm

3 安装Bio::perl

cpanm Bio::Perl

cpanm Bio::Perl

如果找不到cpanm，就输入cpanm的绝对路径

/root/perl5/perlbrew/bin/cpanm Bio::Perl

/root/perl5/perlbrew/bin/cpanm Bio::Perl

如果其中报错缺少哪个模块或者哪个模块版本太老，就先安装报错的模块，我的显示是 Test::More 模块版本太老，我就用cpan “install Test::More”就好了。如果正确安装会显示

–> Working on Bio::Perl

Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.007001.tar.gz … OK

Configuring BioPerl-1.007001 … OK

Building and testing BioPerl-1.007001 … OK

Successfully installed BioPerl-1.007001

1 distribution installed

一般在第一步“Working on Bio::Perl”会等一段时间，因为是要下载安装包，只要没有报错，等着就可以了。