背景:
师姐毕业论文需要一张系统发育树+基因结构+motif分析的组合图。需要MAGE X构树文件nwk + 基因注释文件gff3 + MEME的输出文件xml三个文件,统一输入TBtools的Gene Structure Viewer中得到。然而在ncbi上得到的注释文件只有gbff格式,需bp_genbank2gff3脚本转换成gff3。执行时提示Can’t locate Bio/Root/RootI.pm in @INC (you may need to install the Bio::Root::RootI module),即需安装perl包BioPerl,于是有了本文记录。
#安装perlbrew,安装完需要按提示source一下
#macos 使用curl -L https://install.perlbrew.pl | bash
wget -O - https://install.perlbrew.pl | bash
#安装安装cpanm
perlbrew install-cpanm
#安装Bio::Perl
cpanm Bio::Perl
注:
如果有模块报错或者版本过旧,则先安装即可。例如,我的提示是Bio::DB::GenPept 和Bio::DB::GenBank两个模块出错。
使用cpan"Bio::DB::GenPept";cpan"Bio::DB::GenBank"安装就好。但其实不安装这两模块也不影响脚本的执行。
注:
系统发育树+基因结构+motif分析图