在上一篇文章中,我汇总了大佬们写的关于代谢组学的一些基础知识,让大家对代谢组学有了一个整体性的认识。这次给大家分享的是一些如何对数据进行可视化的文章。
Principal Component Analysis (主成分分析)
很多同学在网上搜的时候,会发现大多数关于主成分分析的文章都是给你从数学理论方面推导来说明什么是PCA,而像我这种数学小白,表示数学公式都看不懂,直到看到一个不存在的网站上关于PCA的视频。自己一个人看肯定不够爽,然后就征得原作者同意,把系列视频搬运到了B站,关于这个,大家可以看一下这篇文章:
久久琼殷:StatQuest with Josh Starmer 来到中国啦zhuanlan.zhihu.com以下是关于PCA系列的视频,一定要多看几遍,不懂的时候再回来多看几遍:
StatQuest - PCA中的主要概念www.bilibili.com StatQuest -主成分分析(Principal Component Analysis)www.bilibili.com StatQuest - 主成分分析(更新版)www.bilibili.com StatQuest - R实现主成分分析 (PCA in R)www.bilibili.com如果想利用 R 来绘制PCA的话,更多的细节可以仔细阅读下面的文章(也可百度一下):
PCA - Principal Component Analysis Essentialswww.sthda.com如果你有一些数据分析软件的话,可以参考以下的文章(需要对应软件):
【干货】SIMCA14.1操作教程-杨树胁迫案例(GC-MS)mp.weixin.qq.com当然,你可以用在线的网站进行分析:
MetaboAnalystwww.metaboanalyst.ca