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SpotClean是一种新的概率模型，旨在解决空间转录组实验中的点位交换问题，通过去除邻近点位之间的交叉污染，提供更准确的基因表达估计，从而显著改善标记基因的识别和空间区域的检测。通过基因的表达矩阵，首先对矩阵数据使用PCA进行降维处理，之后使用UMAP算法进行细胞聚类，并将细胞类群的每个细胞在样品组织切片的空间位置中进行展示，结果见图5。对得到的Marker基因，统计其在不同细胞类群中的表达情况，使用聚类热图、气泡图和小提琴图等方式进行可视化展示，每个细胞类群中Top3基因的结果分别见图6。

本文提出了一种集成的空间分辨多组学分析方法，通过结合非靶向质谱成像、Stereo-seq空间转录组学和靶向的seqIF免疫组化技术，对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）和非典型子宫内膜增生（AEH）的FFPE样本进行了深入研究。华大时空转录组FFPE技术解决方案，以其全面的Total RNA捕获能力、多样化的样本提交选项和可定制的芯片尺寸，有效地解决了传统FFPE样本在进行时空组学研究时面临的挑战。爱基百客承诺以专业的技术专长和周到的服务理念，陪伴您科研的每一步，让探索之旅更加顺畅愉快。

由武汉大学人民医院、海南省总医院以及首都医科大学宣武医院合作共同在《Cell Reports Medicine》期刊发表题为The SGLT2 inhibitor dapagliflozin ameliorates renal fibrosis in hyperuricemic nephropathy文章，本研究利用RNA-seq、ChIP-seq、WB、免疫荧光等实验方法在细胞以及实验动物层面阐述了达格列净改善高尿酸血症肾病的肾纤维化的调控机制，为使用达格列净治疗非糖尿病肾病提供更为深入的理论基础

随着测序成本的下降，转录组测序已成为现代生物学研究中不可或缺的工具。通过对转录组进行分析，我们可以深入了解基因表达调控、细胞分化和疾病发生等复杂生物学过程。在转录组分析中，可视化分析结果至关重要。转录组文章中有一些高频的可视化分析结果，比如说，这些图可以帮助我们快速识别差异表达的基因、生物学途径和潜在的疾病标志物。本期，我们详细介绍下转录组相关的可视化结果。火山图（Volcano Plot）是一种常用转录组数据可视化，用于展示基因表达差异分析的结果。通常以散点图的形式呈现，横轴表示。

华中科技大学同济医学院附属协和医院陶娟教授团队在《Science Advance》发表题为MerTK+macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation的文章，本文利用了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、流式细胞术、免疫组化染色、实时定量PCR（RT-qPCR）、Western blot等技术，探究发现Ah

通过Stereo-seq，可以在单细胞或细胞群体的水平上绘制出基因表达的空间图谱，从而揭示组织中的细胞异质性、细胞间相互作用以及病理特征的空间分布。患有孤独症的人，就像星星的孩子一样，生活在自己的世界里，难以与他人建立正常的社交关系，这种疾病目前仍困扰着全球无数家庭。在本研究中，研究人员对。在本研究中，作者对早期妊娠小鼠体内由不同的免疫细胞、内皮细胞、滋养层细胞和蜕膜基质细胞 (DSC) 构成的蜕膜中枢进行了空间可视化并揭示了DSC的分化轨迹，发现了一种具有双重免疫功能特征的DSC (iDSC)。

急性心肌梗死（MI）是全球死亡的主要原因，尽管MI的死亡率有所下降，缺血性心力衰竭的发病率却呈上升趋势。这一现象提示我们，尽管在急救和治疗急性心肌梗死方面取得了进展，但心脏在梗死后的长期功能恢复仍然是一个挑战。2024年8月15日，南京鼓楼医院徐标教授团队、王涟教授团队在Pharmacological Research（IF：9.1）发表了题为“LIM kinase 2 activates cardiac fibroblasts and exacerbates postinfarction left v

构成每个KOG的蛋白被假定为来自于一个祖先蛋白，这些蛋白可能是orthologs（来自于不同物种的由垂直家系进化而来的蛋白，通常保留与原始蛋白相同的功能）或者paralogs（在一定物种中来源于基因复制的蛋白，可能进化出新的与原来有关的功能）。不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化，还能提供蛋白质家族、途径、亚细胞定位等信息，并且具有一些分析工具，如聚类分析、GO富集分析和KEGG富集分析等，可帮助使用者更好地分析网络图，找到有意义的生物学命题。通过鉴定蛋白与该数据库的比对，可以预测蛋白质的功能。

单细胞CUT&Tag技术能够在单细胞水平探测蛋白-DNA相互作用，深入分析基因调控和染色质重塑在细胞命运决定及疾病发展中的作用。然而，目前相关研究主要集中在技术研究，关于生物学问题的研究仍较少。本期，我们详细解读了一篇2024年发表的关于发育的scCUT&Tag+scRNA-seq文章，不论是实验室设计、研究思路还是分析方法都值得参考。该研究发表在国际杂志Nature Neuroscience（IF=21.2）上，题为“Single-cell epigenomic reconstruct

首先作者使用卵巢癌和非典型子宫内膜增生患者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织样本，通过对这些样本进行连续切片和多组学分析，包括非靶向质谱成像（MSI）、Stereo-seq（空间转录组学）和靶向seqIF（免疫组化蛋白质组学），成功构建了3D空间转录组图谱，并进一步通过分析空间转录组和MSI数据，发现了基质以及肿瘤-基质界面区域相关的新标记物，然后利用相邻技术的优势构建了一个全面的肿瘤微环境图谱，为识别新的治疗靶点和预测生物标志物提供了可能，并且加深了对肿瘤微环境空间结构的理解。

研究背景成功妊娠涉及免疫细胞、内皮细胞（ECs）和基质细胞之间极其复杂的细胞通讯。子宫内膜蜕膜化是成功妊娠的首要和核心步骤之一，其特征是子宫内膜基质成纤维细胞（eSF）转化为被称为蜕膜基质细胞（DSCs）的特殊细胞类型，这一过程涉及间质-上皮转化（MET）。这些转分化干细胞可以提供营养，保护胚胎免受母体免疫系统的影响，并支持孕早期的母体血管化。子宫内膜蜕膜化是短暂的，尚未对其进行系统表征。2023年9月11日，北京大学杜鹏教授课题组在Cell杂志在线发表了题为“Spatiotemporal in

在免疫应答中，m6A修饰的作用尤为重要，它参与调控免疫细胞的发育、功能以及免疫反应的激活[2]。研究还揭示了FTO的下游靶标GPNMB，发现FTO通过减少GPNMB的m6A修饰，增加其稳定性，进而通过GPNMB包装进入小细胞外囊泡（sEVs）抑制CD8+ T细胞的激活，导致肿瘤免疫逃逸。这些研究不仅强调了m6A修饰在免疫调节中的复杂性和多样性，而且为开发基于m6A修饰的新型免疫治疗策略提供了坚实的科学基础，展现了m6A修饰在肿瘤治疗中的转化潜力，为未来的临床应用开辟了新的道路。

通过精确定位基因表达的空间位置，我们能够更深入地理解细胞在各种生理和病理条件下的行为和功能，如肿瘤微环境、器官发育、神经网络等。通过DNBSEQ技术对固定在芯片上的DNB进行测序，得到Coordinate ID(CID)信息，CID和DNB坐标位置一一对应，可以通过建立CID与坐标位置的映射关系，还原后续捕获到的mRNA的空间为止。芯片上所有点的CID序列信息，都被编制成一个叫“MASK”的文件，这个MASK文件包含了每个点上CID序列的信息，后续用于分析。、空间分辨转录组图谱构建。对CID序列进行测序；

然而，K2-ERFs组的下游基因参与了更独特的生物过程，如翻译、酰胺和肽的生物合成和代谢过程，以及有机和细胞氮化合物的生物合成过程。有趣的是，在这些过程中，上调的DEGs数量大于下调的DEGs数量(图6F)。有趣的是，这些下游基因具有相当比例的重叠(693/2316)，同时K2-ERFs的下游独特基因最多，暗示Aza和ETH在调控桂花花衰老中具有相似的途径且DNA低甲基化通过。下游基因，它们参与相似和不同的生物过程和代谢通路，表明乙烯和DNA低甲基化在调节桂花花衰老中具有串扰和独特的调控机制。

该研究通过组织学、生化和转录组学分析，研究了患者、HN小鼠和UA刺激的HK-2细胞中HN的功能、病理和分子变化。通过使用带有骨膜蛋白启动子的腺相关病毒（AAV）过表达LIMK1或LIMK2，研究发现在DKO小鼠中，肌成纤维细胞特异性的LIMK2过表达减弱了这些作用，而LIMK1则没有。14)-阳性多发性骨髓瘤中，II类FINs与博来霉素的组合治疗通过抑制溶质载体家族7成员11的增加，降低了细胞谷胱甘肽水平，并诱导了细胞凋亡和铁死亡的发生，展示了在体外及异种移植模型中的协同抗肿瘤活性。的五个同源基因之一。

工作流程：首先由TET2和来自T4噬菌体的葡糖基转移酶T4-BGT将甲基化的胞嘧啶处理为无法被APOBEC3A转化的形式，这和WGBS亚硫酸盐的逻辑相似，甲基化的C无法被转化，而正常无甲基化的C会在APOBEC3A的作用下转化成U，然后在经过测序进行后续的分析。EM-seq文库对所有DNA输入的PCR周期具有更高的文库产量（图2A），产生更少的测序重复，导致更多可用reads，从而增加了有效的基因组覆盖率（图2B）。聊了很多EM-seq的原理和流程，我们来看看EM-seq的技术优势。

再次观察组织是否完全包埋，如未完全包埋，需再覆盖一层包埋剂后，包埋盒上方再覆盖预冷好的包埋盒，让目标组织均匀受冷，快速冷冻，减少冰晶产生，等待完全凝固变白再进行下一步操作。检查包埋块底部是否被完全覆盖，如未完全覆盖，则将组织块放置在预冷的金属块上，底部朝上，在表面涂上OCT，直至将组织完全覆盖。如果未及时进行包埋的样本，用吸水纸将组织周边的液体吸取干净，干冰速冻，可放-80℃进行储存，短期内安排OCT包埋。在包埋盒底部加入少量OCT包埋液，避免目标组织直接接触包埋盒底部，可不用等包埋液凝固。

一文教您如何进行DAP-seq的数据挖掘，筛选验证位点：从分析前思路→分析思路→如何筛选验证位点。

腭裂是人类最普遍的出生缺陷之一，不幸的是，腭裂的早期筛查仍然是一个挑战，即使是先进的技术，如三维产前超声，也无法提供可靠的唇裂和/或腭裂诊断。RCTD【4】(Robust cell-type decomposition)，是一种空间反卷积工具，整合了统计学模型，能够利用带注释的scRNA-seq数据来定义空间转录组学数据中空间位点的细胞类型组成，可选择不同模式预测位点内1-2种或多种细胞类型。成功整合单细胞和空间转录组数据的分析将有助于理解细胞类型分布的结构以及构成这种结构的细胞间通讯的假定机制。

这项研究为理解运动训练引起的适应性变化提供了宝贵的资源，并且为未来的研究提供了新的途径，以探索运动对健康和疾病影响的分子机制。多组学技术的特点是将基因组、表观基因组、转录组、蛋白组及代谢组等多维层次的信息进行有机整合，构建基因的调控网络，全面探索和深层次理解各生物分子之间的调控及因果关系，从而正确解析生命体的生物功能和生理机制。基因组学主要研究机体内的遗传物质也就是DNA的组成、结构、功能、定位和编辑等，是对生物体内所有基因进行定量研究并分析他们的生物学意义，为理解基因表达调控奠定基础。