爱基百客-CSDN博客

原创项目文章 | 一套转录因子ChIP-seq数据，2篇一区SCI？快来瞅瞅

这两篇SCI论文的发表，为我们提供了一个宝贵的启示：即使是同一套ChIP-seq数据，通过不同的视角和分析策略，也能够揭示出不同的科学问题。整体来看，本文的研究思路是通过一系列体外和体内实验，系统地研究了AMPK/FoxO3a信号通路在能量应激条件下对铁死亡的调控机制，并探索了TFP作为潜在的神经保护剂的作用。通过这一系列的研究步骤，本文揭示了FOXO3a在微胶质细胞中对PPAR-γ的调控作用，并阐明了其在神经炎症和抑郁症发展中的潜在机制，为开发新的抗抑郁治疗策略提供了科学依据。

2024-07-22 13:47:41 459

原创 Nature子刊 | ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组联合分析揭示脂质激活转录因子PPARα在肾脏代偿性肥大的作用机制

在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。

2024-07-19 11:43:15 1116

原创植物转录因子研究利器：DAP-seq实验分析流程及案例分享

DAP-seq与转录组结合表明，2080个基因是FvRIF介导的调控的直接靶点，包括与果实成熟的各个方面相关的基因。DNA亲和纯化测序技术（DAP-seq）是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术，将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育，以确定结合序列。（3）比对完成后会生成bam文件，利用软件对bam文件进行call peak，简单来看就是看在哪些位置有reads的显著性堆积，这个位置能体现出研究的转录因子结合的位置在哪里；

2024-07-19 11:38:39 715

原创干货 | 如何证明蛋白与蛋白之间存在相互作用？

为了提高Pull-down技术的效能，我们可以将要纯化的蛋白以融合蛋白的形式进行表达，即将“诱饵”蛋白和一种易于纯化的配体蛋白结合。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与蛋白A/G（Protein A/G）偶联的 agarose 或Sepharose珠子孵育，通过离心得到珠子-蛋白A/G-抗体-目的蛋白复合物，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白，再通过Western blot 或质谱等方法进一步对复合物中的靶蛋白进行分析。

2024-07-17 11:37:19 616

原创项目文章|EMBO J(IF=9.4):16S+代谢组解析肠道菌群代谢物改善高脂饮食诱导的胰岛素抵抗机制

通过Akt-SPARK报告基因检测了胰岛素刺激下ECs中Akt活性的变化，显示HFD喂养的小鼠肠细胞中Akt活性降低，而补充TA或过表达CRTC能够恢复这种活性(Fig.7A,B)，同时，TA补充或CRTC过表达也能显著恢复HFD喂养果蝇的肠细胞中的胰岛素敏感性(Fig.7C)，进一步实验证实了这些处理能够抑制HFD引起的系统性高脂血症(Fig.7D)。在 ND（正常饮食）或HFD（高脂饮食）喂养4天后，肠道中中性脂质水平的定量检测发现，仅4天的HFD就足以增加肠道脂质水平(Figs.1G)，ECs中的。

2024-07-15 11:38:06 793

原创 PlantPAN 4.0:探索植物转录因子和启动子的调控数据库

总之，PlantPAN为我们提供了一个强大的植物启动子和转录因子动态调控的信息，我们可以查找不同植物的基因ID以及对应的注释信息以及启动子和调控信息，还可以输入基因集，去探索基因集的调控关系，还可以进行跨物种分析，得到不同物种的基因启动子区域相似性信息以及转录因子结合位点信息、CpG岛和串联重复信息。点击Network construction的view可以看出来，这一组基因分别被AT2G46590调控，而且还给出了不同颜色标识，点击每个基因前面的□，可以得到转录因子可以结合该基因的具体位点信息。

2024-07-12 11:48:35 886

原创 ChIP项目文章CMI（IF=24.1）|IRF1激活可促进辐射诱导的细胞死亡和炎症反应

IRF1缺陷小鼠表现出正常发育和正常皮肤结构（图6.D），与IRF1+/+和IRF1+/-小鼠相比，IRF1−/−小鼠表现出较轻的辐射诱导的皮肤损伤及炎症浸润（图6.E、F），与辐射的WT小鼠相比，IRF1基因敲除小鼠辐射皮肤组织中IL-7和IL-21的浓度显著降低（图6.G），IRF1的敲除显著影响了淋巴细胞的增殖、分化和活化以及组织重塑（图6.H），并且对部分x射线诱导的皮肤损伤具有保护作用（图6.I-K），促进了联合损伤模型中的伤口愈合（图6.L-N）。

2024-07-11 11:53:57 606

原创云平台教程 | 手把手教你主成分分析PCA的可视化

PCA（主成分分析）是一种广泛使用的数据降维技术，它在多个领域都有重要的意义和应用，用于从数据集中提取最重要的特征。它通过正交线性变换将数据从原始空间转换到新的空间，这个新空间由几个主成分组成，这些主成分在新的空间中具有最大的方差。在基因组学中，PCA可以用于分析大规模的基因组数据，帮助识别与疾病相关的基因。尽管中心化可以减少均值的影响，但在某些情况下，你可能还需要对数据进行标准化，即将每个变量的标准差设为1。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。

2024-07-08 11:50:15 785

原创 New Phytol | 植物miRNA-转录因子-靶基因模块调控网络如何构建

GmMYC2在GmARF16-OE植株中的表达有较强的上调，表明大豆耐盐性可能受到GmARF16依赖的GmMYC2诱导的调控。然后，研究检测了GmARF16的编码区，并评估了它们的激活能力，由于G-A的替代，导致了不同的转录活性。随后，作者进行ChIP-qPCR、EMSA、LUC实验，结果支持了GmARF16可以通过直接与其启动子中的NNGACA基序结合来激活GmMYC2的解释，这与miR160a-GmARF16-GmMYC2模块在调节大豆耐盐胁迫中发挥作用的假说相一致。这类研究，都可以参考如下思路。

2024-07-05 11:55:45 782

原创干货分享 | 一文带您全方位认识MicroRNA

在多年的广泛研究中，根据小非编码RNA的大小和结构特征可以将其分类为:传统小RNA、结构小RNA和衍生小RNA（也称为非规范小RNA）[1]，这些小RNA可以通过不同的机制参与各种生物过程，例如传统小RNA包括microRNA（miRNA）、piwi相互作用RNA（piRNA）和小干扰RNA（siRNA），他们可以与Argonaute蛋白（Ago蛋白）结合形成沉默复合体，进而切割或阻止靶向mRNA的翻译，或者介导染色质上表观遗传的改变，以达到沉默基因表达的目的[2]；

2024-07-03 11:48:17 949

原创利用Jaspar进行转录因子结合位点预测

勾选想要分析的版本，点击页面右边Scan，将前面找到的CXCL1-pro序列输入进去（如果不是启动子，想分析其他区域序列，请注意输入的序列范围需<3Kb）。如果出现一个转录因子多个motif，小数点后面的数字越大，表明版本越新（常见的转录因子，不同版本motif展示图可能差异不大，但是实际motif矩阵是不一样的，不同版本motif矩阵预测结果不一定一致）。在没有进行前期ChIP-seq的基础上，如何对感兴趣的转录因子（TF）以及靶基因pro进行验证，以及如何筛选靶点，也成为了许多老师困惑的地方。

2024-07-01 11:38:56 1923

原创 RNA甲基化修饰m6A简介及研究思路

本研究通过应用低起始量的甲基RNA免疫沉淀和测序技术（picoMeRIP-seq），成功绘制了小鼠卵母细胞和着床前胚胎中N6-甲基腺苷（m6A）修饰的动态图谱，揭示了m6A修饰在调控早期胚胎发育、基因表达、母体到合子转换过程中的关键作用，以及其在逆转录子RNA上的显著富集，为深入理解m6A修饰在哺乳动物早期发育中的调控机制提供了宝贵的数据资源和科学见解。RNA的化学修饰是细胞调控基因表达的重要机制之一。大豆，桂花，秋茄，樟树，番茄，杨树，苹果，拟南芥，刺梨，棉花，水稻，木麻黄，火炬松，青稞，碎米荠…

2024-06-28 11:52:12 1039

原创技术贴 | RNA甲基化修饰m6A的检测——MeRIP-seq

目前在细胞RNA中已经识别到了超过100种化学修饰，其中RNA甲基化修饰在生命活动中有着非常重要的作用(Xu et al 2020)。RNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下，在RNA分子上的某一个原子上添加一个甲基基团(CH3)。RNA甲基化修饰类型有很多，比如：m6A RNA甲基化﹑m5C RNA甲基化﹑m1A RNA甲基化、m7G RNA甲基化等(Oerum et al 2021)（图1）。图1 不同类型RNA的转录后修饰(Oerum et al 2021)

2024-06-27 14:38:55 1232

原创中国4个民族群体的全基因组DNA甲基化变异图谱首次发布

这种种族特异性的CpG是由于遗传因素还是环境因素引起的目前尚不清楚，因此，作者将DNAm距离与遗传距离的比较分为民族间和民族内比较，并分别计算两种类型的相关性，在两项比较中，Pst较大的CpG的相关性并不显著，但对于Pst较低的CpG在种族间更显著（图3.D、E），可能是由于在这些种族间的DNAm距离明显大于种族内的DNAm距离（图3.F），这种差异在遗传距离上也是一致的（图3.G），另外这种差异不仅在Pst最高的CpG上很明显，而且在Pst最低的CpG上也很显著（图3.H），

2024-06-24 14:13:19 588

原创干货 | 如何进行群体DNA甲基化分析

总之，群体甲基化分析策略为首先选择合适的群体，然后拿到WGBS数据后比对参考基因组，再进行每个样本甲基化水平，以及不同群体的DMR，然后与重测序数据进行关联分析，PCA分析，以及EWAS分析和meQTL定位，还可以加入WGCNA分析，最终得到表观遗传标记对群体进化/驯化或者人类疾病的影响。因此，新的方法出现了，名为表观基因组关联分析（EWAS），EWAS将表观遗传的变异和复杂疾病/表型联系起来，通过研究表观遗传学来解读复杂疾病/表型的原因，找到与疾病/表型相关的表观遗传学变异位点。

2024-06-21 11:38:45 921

原创植物ATAC-seq文献集锦（四）——生物和非生物胁迫篇

这些结果表明OsHMGB1是一个转录促进因子，通过增加包含PSR基因的基因组区域的染色质可及性来调节这些基因的表达，从而维持水稻中的Pi稳态，揭示了植物适应Pi限制环境的关键表观遗传机制。最后，在生物和非生物胁迫篇中，ATAC-seq技术被应用于解析植物在面对各种胁迫时的染色质和基因表达变化，为培育抗性更强的植物品种提供了新的分子靶点。选择爱基百客，就是选择专业与信赖。随着技术的不断进步和应用的深入，我们有理由相信，ATAC-seq将继续在植物科学研究中发挥更加重要的作用，推动植物科学向更深层次的发展。

2024-06-17 15:38:44 795

原创植物ATAC-seq文献集锦（三）——果实发育篇

本研究通过比较基因组学、ATAC-seq技术、RNA-seq分析和CRISPR/Cas9基因编辑技术，深入探究了6种葫芦科作物（黄瓜、西瓜、甜瓜、南瓜、丝瓜和葫芦）早期果实发育中的保守顺式调控元件（CREs）。本研究利用多组学分析方法，包括代谢组学、转录组学和ATAC-Seq，探究了LED白光处理对杏果实成熟过程中生理和营养品质的影响，以及对果实转录调控和代谢物变化的作用。此外，研究还预测并验证了多个可能调控糖分和酸度积累的关键转录因子，构建了一个转录调控网络，为识别控制这些品质特性的候选基因提供了平台。

2024-06-14 13:42:32 953 1

原创项目文章 | Cell Reports&ChIP-seq和RNA-seq联合鉴定伯克霍尔德氏菌毒性的重要调节因子

群体感应也是许多病原微生物完全发挥其毒力所必需的，有研究表明伯克霍尔德氏菌可利用顺式-2-十二烯酸（Burkholderia DSF，BDSF）和N-酰基高丝氨酸内酯（AHL）两种QS系统调节其生理和毒性，其中BDSF通过激活RpfR蛋白的磷酸二酯酶活性，降低细胞内环二聚鸟苷酸（c-di-GMP）水平，从而增强RpfR-GtrR复合物的转录调控活性，其原理如图1所示。结果显示，BDSF增强了DsfR对这些启动子的结合，且随着BDSF浓度的增加，DsfR与探针的结合量也增加（图6A-6C）。

2024-06-13 11:56:29 667

原创小白轻松入门GWAS：从数据准备到可视化结果

P值（p-value）是一个重要的统计指标，用于评估某个基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNP）与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中，横轴表示基因组的染色体位置，按照染色体的顺序排列，每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组的特定位置上，单个核苷酸（A、T、C或G）发生变异，导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的，表现为离散的、可区分的类别，例如豌豆的花色或人类的血型。

2024-06-11 11:28:56 3477

原创项目文章 | Nature Commun&蓝藻转录因子PhoB对磷/铁的营养元素限制的调控机制

qRT-PCR结果分析表明，在WT中，slr1908的转录水平受到磷缺乏的强烈诱导，在+Fe−P和−Fe−P条件下分别上调7.5倍和4.6倍（图6c）。相反，当缺磷与-Fe同时发生时，Fe限制细胞（-Fe-P）对O2−的抵抗力明显增强（图4a）。O2−耐受性测定表明，当phoB被敲除时，磷缺乏不再能增强-Fe蓝细菌的O2−抵抗力，并且-Fe-P细胞表现出类似于-Fe+P细胞的反应（图5e）。是 Fe 依赖性的，这种金属酶的高表达可能会增加细胞对 Fe 的需求，导致更严重的 Fe 缺乏和更缓慢的生长。

2024-06-07 11:49:12 843

原创 Science项目文章 | 中国农科院作科所研究团队解析“复粒稻”多粒簇生的机制

尽管无法在CL1和NCL1的PBM中检测到OsMADS1蛋白，但特定的荧光信号仅在CL1的SBM中检测到，而在NCL1中没有检测到（图6A和B）。研究测量了普通辣椒Tianyu 2（TY2）和TY2 CL（一种簇类辣椒，显示出花朵聚集和缩短的花梗，同时在植被和生殖形态上与TY2非常相似）的花梗中的BR含量（图7I和J）。基于这些观察，研究团队得出结论，有三种发育现象驱动了CL的形成：(i)更多的SBMs（次级分生组织）的发育，（ii）多生SM（小穗分生组织）的启动，以及（iii）缩短的花梗。

2024-06-05 15:34:48 703

原创动物群体甲基化如何讲故事？

总之，这项研究建立了一个庞大的脊椎动物和无脊椎动物DNA甲基组数据资源，为没有参考基因组的物种中进行无参考表观基因组分析提供了一个参考方法，并为脊椎动物复杂演化过程研究提供了一个表观遗传学的视角。DNA甲基化是一种非常保守的表观遗传修饰，其广泛存在于生物体内，在不同的物种间、相同物种不同环境，同一物种不同发育时期都会存在一定的变化，从DNA甲基化角度探究同一物种不同组织器官以及广泛物种之间的变化，将有助于加深我们对发育及进化的理解，为复杂性状的遗传进化以及生物调控机制研究提供新的思路。

2024-06-03 11:48:09 925

原创农学TOP期刊 ▏90个样本的DNA甲基化谱揭示了胡杨不同异形叶片发育的动态表观遗传调控

中文标题：DNA甲基化谱揭示了胡杨不同异形叶片发育的动态表观遗传调控期刊：Industrial Crops & Products 影响因子：5.9 发表时间：2024年5月14日主要作者单位：塔里木大学、浙江师范大学、中南民族大学通讯作者：李志军教授、吴智华副教授研究背景胡杨（Populus euphratica）是干旱地区的重要树种和沙漠环境的重要生态组成部分，也是研究木本树木环境适应性的典型模型。不同树

2024-05-30 09:44:23 862

原创云平台教程 | 手把手教你GSEA富集分析和解读

1. 计算富集分数（ES）富集分数：S 反应基因集（比如某个通路内的基因集）成员 s 在排序基因集 L（比如根据 logFC 排序的差异基因集，默认降序，所以上调基因在顶端）的两端富集的程度。正值ES表示基因集 S 在基因集 L 的顶部富集，负值ES表示基因集 S 在基因集 L 的底部富集。第三部分是排序后所有基因 rank 值的分布，热图红色部分对应的基因在 A 组高表达，蓝色部分对应的基因在 B 组高表达，每个基因对应的信噪比（Signal2noise，前面选择的排序值计算方式）以灰色面积图展示。

2024-05-29 11:59:29 1105

原创项目文章 |NC揭示真菌中A-to-I mRNA编辑机制及其调控和演化

此外，三个氨基酸位点(Fig.5e)特别是（MV500-501）对Ame1在Sordariomycetes中的功能创新至关重要(Fig.5d,f)，这些位点的变异对Ame1与FgTad3的相互作用和mRNA编辑功能有重要影响。-GFP融合蛋白时，检测到两个较小的蛋白条带，而非在菌丝中检测到的预期的73kDa蛋白(Fig.3a)。通过DNA-seq和RNA-seq分析，研究人员在两种转化株中鉴定出大量A-to-I编辑位点(Fig.7b)，其中细菌BL21菌株中的编辑水平显著高于酵母菌株(Fig.7c)。

2024-05-27 11:51:00 1005

原创善用KEGG数据库挖掘目的基因

要注意的是KEGG通路图之间并非孤立的，而是常常会标注该通路中的基因或代谢物来自或流向其它相关的通路。通常得到相关的基因集或者代谢物后，我们都希望能够快速了解它们的蛋白功能和涉及的调控机制，从而进一步锁定接下来关注的核心基因。map编号：代表reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。KEGG富集分析就是一种很好的手段。与富集分析不同，KEGG注释是基于基因本身比对数据库后给出对应的K号，K号表示基因，每个号代表的是所有物种的一个同源基因。

2024-05-24 11:42:12 1370

原创植物ATAC-seq文献集锦（二）——生长发育篇

因此，研究者选择L1和L3，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了735个差异表达基因（DEGs），这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化，其中包括87个转录因子（TFs），如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。研究者通过对这两种细胞类型的RNA-seq、ATAC-seq、H3K4me3和H3K27me3 ChIP-seq以及BS-seq数据的整合分析，发现染色质可及性与组蛋白修饰（尤其是H3K27me3修饰和CHH甲基化）共同协调，调控细胞类型偏好性基因表达。

2024-05-22 11:53:23 756

原创整合ATAC-seq和RNA-seq鉴定水稻病毒感染转录因子

此外，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因，其中34个转录因子（TF）通过上游基序的搜索得到进一步鉴定，8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。研究还统计ATAC-seq片段在所有染色体上的分布（图1d），绘制了转录起始位点（TSS）的上游和下游3 kb的基因的ATAC-seq信号图，并发现TSS区域具有最高的信号，这意味着与其他区域相比，首先，使用BiFC鉴定了上述筛选的TF（图5a）和RSV蛋白之间的相互作用。

2024-05-20 11:53:35 780

原创基因家族分析+ATAC-seq如何擦出火花？看这篇就够了

qRT-PCR结果表明，DlbZIP家族受多种激素的影响，在吲哚-3-乙酸（IAA）、脱落酸（ABA）和茉莉酸甲酯（MeJA）处理下均表现出不同程度的上调表达，表明它们在龙眼早期SE相关的激素合成途径中发挥重要作用。基因中的大多数在GE（10）中高度表达，并且它们中的大多数对热应激和2，4-D处理有反应。总之，在基因家族分析中加入ATAC-seq的结果，不仅可以为理解家族不同成员的差异表达模式提供表观遗传调控的见解，还能预测调控关键基因的上游因子，为后续构建特定生物过程的转录调控网络奠定基础。

2024-05-17 11:55:07 1112

原创木本植物泛基因组文章盘点和解析

柑橘种的起源一直存在争议，关于柑橘亚科的了解也相对较少。在该研究中，汇编了314个品种的基因组序列，新组装了12种物种的基因组，并为柑橘亚科构建了基于图的泛基因组。然而，由于地域、环境等因素的影响，同一物种内的不同个体间存在着丰富的遗传变异，来自单一个体的参考基因组难以覆盖物种群体的遗传多样性[1]。：为了描述杨属植物的超级泛基因组结构，从杨属植物的五个部分选择了19个参考基因组，包括18个野生种（一个种包括两个亚种），其中6个是该研究在染色体水平上从头组装的，另外13个是在其他研究中已发表的。

2024-05-15 11:50:35 569

原创植物ATAC-seq文献集锦（一）——基因组篇

ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放染色质区段（open chromatin），然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。

2024-05-13 14:23:41 662

原创零代码利用KofamKOALA进行在线版蛋白KEGG注释

目前分析的主要方案都是利用eggNOG-mapper（我们也是使用这个分析），对基因组蛋白文件进行同源比对，随后调用eggNOG收录的KEGG注释。对拥有注释的蛋白取交集（29296）和并集（45599）发现两者具有较高的重叠，但也有一定的独特注释（加上KofamKOALA，相比单纯的eggNOG-mapper注释多了5k）。两个数据库绝大多数蛋白都享有相同的k号，但也有少部分蛋白的注释不太一致（见红框），推测可能与数据库收录情况有关，鉴于这两者都是常用且被认可的数据库，私认为可以考虑并集整合。

2024-05-10 14:54:13 536

原创 ChIP-seq or CUT&Tag，谁能hold住蛋白质与DNA互作主战场？

ChIP-seq实验中会受到甲醛交联，超声打断及免疫沉淀效率的影响，整体的重复性和信噪比较CUT&Tag要低一些，为追求更高质量的分析结果，通常会采用较高的测序深度弥补实验中的缺陷。其次，ChIP-seq 和 CUT&Tag的实验过程也会有较大的差异。总之，ChIP-seq和CUT&Tag各有千秋也也互为补充，在特定研究情境下灵活运用ChIP-seq与CUT&Tag这两种强大的工具，不仅能够提高研究效率，降低成本，还能确保数据的准确性和可靠性，能够极大促进我们对基因调控、表观遗传学及细胞功能等领域的理解。

2024-05-08 11:59:27 739

原创富集分析不求人，零代码可视化GO/KEGG分析结果

ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表，需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析)，通常是差异基因，当然也可以是其他目标基因集，比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集、WGCNA分析中关注的模块基因等等。右侧的工具介绍和常见问题对富集分析小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。富集柱状图展示的是差异基因在不同条目（通路）中的数目分布情况，通常以x轴表示该条目的数量，y轴表示富集条目，柱子的颜色表示显著性，用红蓝渐变色表示，颜色越红代表该条目越显著。

2024-04-24 16:10:19 1055

原创单细胞+RIP-seq项目文章| Cell Reports&hnRNPU蛋白在小鼠精原干细胞池建立的关键作用

精原干细胞（SSCs）是负责精子发生的干细胞，具有自我更新和分化产生功能性精子的能力。SSCs的持续再生对于维持雄性生育力至关重要。然而，SSC池的发育起源尚不清楚。在哺乳动物中，SSCs源自名为 prospermatogonia（ProSG）的前精原细胞，依次发育为增殖型前精原细胞（M-ProSG）、初级过渡型前精原细胞（T1-ProSG）和次级过渡型前精原细胞（T2-ProSG）三种类型。ProSG的迁移和分化过程对于SSC池的建立至关重要，但这一过程的调控机制仍不完全清楚。2024年04月

2024-04-22 11:56:59 1001

原创组蛋白乳酸化 | CUT&Tag+RNA-seq联合解析H3K9la介导的肌肉发育调控机制

用RNA干扰或（R）-GNE-140抑制LDH活性后，再将成肌细胞与15 mM乳酸钠一起培养4天，结果表明，补充乳酸钠不仅恢复了成肌细胞的分化活性，而且还防止了用siRNA或抑制剂处理的细胞中MyHC蛋白表达和组蛋白赖氨酸乳酸化的下降（图2E，F）。此外，Neu2蛋白表达在乳酸处理后明显增加（图5D）。为了进一步证实H3K9乳酸化在成肌细胞分化中的作用，作者用C646（P300抑制剂）处理成肌细胞，WB结果显示，P300抑制剂显著降低了乳酸盐处理的成肌细胞中H3K9la和MyHC表达的水平（图3C-F）。

2024-04-19 15:38:53 606

原创干货|小样本+大样本实验分组设计思路

相反，研究验证了与未接受治疗的患者相比，接受治疗的患者中多种调查和假设的耐药机制的丰富化，从而确认了它们在治疗耐药性中的潜在作用。武汉爱基百客生物科技有限公司配备高通量测序仪DNBSEQ-T7、MGI2000等，可以为客户提供全基因组测序、全外显子测序、转录组测序、微生物组测序等测序服务(日产数据高达14T，满足大型基因组和人群队列项目)，另外作为表观组学研究的先行者，我们也提供表观组（甲基化、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq等）服务，如果您有任何产品需求，欢迎联系我们。

2024-04-18 14:39:01 688

原创项目文章 | Nature Commun细菌转录因子ChIP-seq揭示第二信使2‘,3‘-cGMP的新调控机制

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体（G4）等方面的研究，技术成熟稳定。

2024-04-15 14:58:30 1080

原创干货|目标蛋白疑似转录因子，我该怎么办？

本文我们介绍了如何通过生物信息学分析和实验方法来验证一个蛋白是否是转录因子。通过结合多个案例，我们展示了这些方法在实际研究中的应用和效果。总的来说，这些方法为研究转录因子提供了有效的工具，有助于揭示它们在基因表达调控中的作用定位，进而推动相关生物学领域的研究进展。在实际应用中，武汉爱基百客生物科技有限公司作为表观组学研究的先行者，提供了一系列的产品和服务，旨在帮助科研人员更高效地探究转录因子与其下游靶基因之间的相互作用。

2024-04-12 10:07:34 1055

原创项目文章| Plant Cell&DAP-seq解析草莓NAC转录因子FvRIF的调控网络

通过RNA-seq进行的表达分析（图7E）和RT-qPCR（图7F）显示，相对于野生型，在突变系（Fvrif-6和Fvrif-13）的果实中，FvMYB10、FvSEP3和FvSPT表现出降低的表达水平，而FvARF2表现出增加的表达水平。分别得到Fvrif-6与WT的差异基因以及Fvrif-13和WT的差异基因信息。其中，769个基因（37.0%）代表FvRIF正向调控的靶标，在Fvrif系中下调，而1,311个基因（63.0%）被认为是FvRIF负向调控的靶标，在Fvrif突变系中上调（图4A）。

2024-04-10 14:01:53 668

空空如也

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