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RSS订阅原创 群体遗传分析中如何绘制带有分组圆环的进化树
右侧的工具介绍对高级进化树小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。通常情况下，我们可以通过分支划分算法将群体样本分成若干个组别，并将这些组按照一定的方式进行展示，结合样本的遗传背景，进而分析出群体的特点，此时一张清晰漂亮的进化树就应运而生，为文章的分析增砖加彩。分组圆环组数K是期望的分组数，这里的组数是根据树的树枝得到的，所以需要挑选一个合适的K值。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询，找到需要的任务。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。
2025-06-06 17:54:16
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原创 Nat Commun项目文章 ▏小麦CUT&Tag助力解析转录因子TaTCP6调控小麦氮磷高效利用机制
高作物产量需要充足的养分，特别是硝酸盐（N）和磷（P），因此确定小麦中有效利用氮-磷的调控因子至关重要。为了探究氮-磷之间的相互作用，作者分析了在不同氮-磷供应条件下的根系转录组，并鉴定出TaTCP6是一个潜在的调控因子。硝酸盐刺激的TaTCP6直接触发与氮利用相关基因的表达。TaTCP6与TaSPX1/4竞争以释放TaPHR2，并与TaPHR2相互作用，从而增强下游基因的转录活性。TaTCP6的双重作用使得TCP6-SPX-PHR2模块能够激活磷饥饿反应（PSR）基因。
2025-05-29 17:24:54
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原创 环境温度通过H2A.Zub和H3K27me3动态调控拟南芥细胞命运决定
本研究综合运用ChIP-seq、CUT&Tag、RNA-seq等技术，揭示了低温环境通过抑制TOE1的表达及其对INO80-C复合物的招募来减缓H2A.Z组蛋白变体从染色质上的移除、同时增强PRC1复合物介导的H2A.Z单泛素化修饰。
2025-05-29 17:03:24
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原创 从预测到验证一键get靶基因结合的转录因子
在前期的文章中我们已经介绍了很多关于根据转录因子找到目标靶基因的方法，例如ChIP-seq，CUT&Tag，DAP-seq等，那么如何根据目标基因找到转录因子呢？今天我们就来介绍如何从预测到验证研究某个基因上结合的特定转录因子信息。
2025-05-29 16:52:52
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原创 从预测到验证一键get靶基因结合的转录因子
在前期的文章中我们已经介绍了很多关于根据转录因子找到目标靶基因的方法，例如ChIP-seq，CUT&Tag，DAP-seq等，那么如何根据目标基因找到转录因子呢？今天我们就来介绍如何从预测到验证研究某个基因上结合的特定转录因子信息。
2025-05-27 17:52:05
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原创 NAR项目文章 | 真菌染色质重塑因子通过调控tRNA转录来调节蛋白翻译
西南大学植物保护学院作物真菌病害成灾机制与可持续控制团队与浙江大学马忠华教授团队在国际权威学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了一篇题为“Fungal chromatin remodeler Isw1 modulates translation via regulating tRNA transcription”的研究论文。该研究利用该研究运用了ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、MNase-qPCR、EMSA、LC-MS等技术方法，对禾谷镰刀菌（Fusarium
2025-05-16 16:11:35
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原创 表观组学ChIP-seq/CUT&Tag/ATAC-seq等技术样本制备指南，你学废了吗？
本期，我们将介绍表观组学ChIP-seq/CUT&Tag/ATAC-seq技术样本质量的“隐形杀手”和破解之道。
2025-05-16 15:50:47
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原创 干货分享 ▏什么是单细胞转录组中的细胞通讯分析？
细胞通讯分析基于单细胞转录组数据，通过整合细胞亚群基因表达与配体-受体（L-R）数据库，解析L-R互作模式，推断细胞间潜在作用关系，揭示生理调控机制及疾病状态下的异常变化。
2025-04-23 17:27:10
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原创 项目文章 ▏c-di-GMP协同WYL转录因子调控植物乳杆菌肠道定殖的分子机制
ChIP-seq揭示MbpR在植物乳杆菌中的独特调控机制，转录因子不止讲述promoter~
2025-04-23 17:00:49
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原创 ChIP/ATAC/CUT/DAP必看——*Peak到底怎么来的
蛋白DNA互作调控网络探究中表观组数据分析的核心--peak。它到底是指什么？如何来的？该如何选择运用到文章中呢？
2025-04-15 16:38:23
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原创 亚洲区域健康人群免疫细胞marker
但最重要的是，基于这么大样本量的单细胞数据，作者贴心的提供了最后整理的marker基因的list！看到之后小编简直就是久旱逢甘霖。赶紧第一时间来分享给大家。原文：Asian diversity in human immune cells.发表时间：20250318（Online ahead of print.）Markerlist：来自文献附录S2.注意样本类型：健康人群的PBMC。
2025-04-11 17:13:39
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原创 项目文章 ▏磷酸化依赖的VaMYB4a通过抑制VaPIF3和激活VaCBF4调节葡萄藤冷胁迫
本篇文章研究利用ChIP-seq、RNA-seq、亚细胞定位、酵母单杂、COIP等技术方法揭示了VaMYB4a通过抑制VaPIF3和激活VaCBF4来增强葡萄的抗寒性，为植物抗寒研究提供了新的见解。
2025-04-11 16:40:55
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原创 如何将表观修饰和水果研究结合起来？拿捏高分思路
表观修饰在水果研究中的应用，就像一把神奇的钥匙，为我们打开了深入理解水果从田间到餐桌的转变之门。它不仅关乎基因本身，更关乎基因如何被“调控”，这种调控不涉及DNA序列的改变，却能深刻影响水果的品质、成熟和抗逆性。
2025-03-19 16:52:40
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原创 超级简单的m6A修饰位点预测- SRAMP
今天，小编就给大家介绍一个预测目标区段是否具有m6A修饰位点以及位点具体位置的网站，为大家的MeRIP-qPCR或者SELECT实验保驾护航。
2025-03-14 15:39:22
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原创 扒一扒那些好用的转录因子TF-DNA数据库（上）
还在苦恼没有好用的转录因子数据库？还处于只知道JASPAR数据库的境地？现在已经悄咪咪的出现了20+转录因子整合数据库知道不？不知道没关系，小编来告诉你！
2025-03-14 14:48:27
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原创 项目文章 | Redox Biology组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制
本文研究主要探讨了组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制，并揭示了其通过调控NFS1介导的铁死亡抵抗促进肿瘤进展的分子通路。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。
2025-03-10 16:56:29
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原创 爱基百客受邀参加华大智造SEQ ALL联盟年度峰会，共筑生命科学新图景
深圳华大智造科技股份有限公司（简称华大智造）秉承“创新智造引领生命科技”的理念，致力于成为生命科技核心工具缔造者，专注于生命科学与生物技术领域，以仪器设备、试剂耗材等相关产品的研发、生产和销售为主要业务，为精准医疗、精准农业和精准健康等行业提供实时、全景、全生命周期的生命数字化设备和系统。3月1日，华大智造SEQ ALL联盟年度峰会在杭州盛大召开。在峰会上，爱基百客和其他生态伙伴，与华大智造一齐登台、联合表态——让可靠，根植于行业DNA，聚力生态、融合创新，为生命科学定义一个“世界品质”的“中国标准”！
2025-03-07 17:46:35
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原创 国货正当时 | 立足于中国智造，爱基百客提供优质的基因多组学服务
爱基百客与中国智造的合作始于华大智造的BGI500基因测序仪，逐步拓展至MGI2000测序仪、DNBSEQ-T7高通量测序仪、单细胞和时空组学平台，以及CycloneSEQ测序仪和相关自动化设备。2025年年初，爱基百客响应华大智造发起的一份关于「可靠」的倡议，呼吁行业伙伴共同坚守“可靠”标准，通过不断的技术革新和服务优化，为科研工作者提供更加可靠、专业、高效的支持，共同推动科学研究的进步。同年，公司布局国产单细胞平台，引入寻因生物的SeekOne®DD单细胞平台，基于该平台提供单细胞转录组的技术服务。
2025-03-07 17:31:37
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原创 项目文章|Klotho通过抑制ERK1/2和Wnt/β-连环蛋白信号通路减轻视网膜色素上皮细胞在视网膜下纤维化中的上皮-间质转化
本研究发现Klotho蛋白通过抑制ERK1/2和Wnt/β-catenin通路，显著抗击视网膜下纤维化，为nAMD治疗提供新靶点。
2025-03-04 09:33:22
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原创 组蛋白乳酸化调控拼图再添关键碎片，乳酸化调控蛋白汇总2.0
组蛋白乳酸化蛋白再添新的调控蛋白，爱基百客提供领先的表观组学，ChIP-seq和CUT&Tag产品在组蛋白修饰上有丰富的经验。
2025-02-26 11:37:25
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原创 干货分享 | 如何使用单细胞标记的marker基因数据库Cell Marker2.0?
本文主要介绍了单细胞标记的marker基因数据库 Cell Marker2.0，包括其优势、使用方法、在线分析工具及数据下载功能等具体使用指南，希望可以为您的单细胞研究提供有力支持。
2025-02-26 11:09:23
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原创 中国智造，不止可靠 | 爱基百客携手华大智造打造全方位基因多组学服务
此外，爱基百客引入的DNBSEQ-T7是全球最高日通量的单机版基因测序仪之一，每日数据量可达7Tb，主要用于全基因组、全外显子组、转录组、表观基因组测序等研究，与爱基百客的业务完美契合。深圳华大智造科技股份有限公司（简称华大智造）秉承“创新智造引领生命科技”的理念，致力于成为生命科技核心工具缔造者，专注于生命科学与生物技术领域，以仪器设备、试剂耗材等相关产品的研发、生产和销售为主要业务，为精准医疗、精准农业和精准健康等行业提供实时、全景、全生命周期的生命数字化设备和系统。{ 往 期 精 彩 回 顾 }
2025-02-22 16:44:41
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原创 玩转表观，ATAC-seq+RNA-seq共探染色质重塑机制研究
ATAC-seq与RNA-seq结合，可全面揭示染色质重塑对基因表达调控，助力理解细胞命运转化和疾病机制，为新疗法提供理论支持。
2025-02-21 16:49:31
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原创 如何进行Motif预测分析和解读？MEME和HOMER全解析
Motif预测分析是一种在生物信息学和计算生物学中广泛应用的技术，用于识别DNA、RNA或蛋白质序列中具有生物学功能的短保守序列模式。接下来让我们一起了解其分析的目的、在不同富集类实验中的区别与常用分析软件。
2025-02-17 12:11:09
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原创 Deepseek问答：我有一个表观方向的课题，如何选择ChIP-seq,CUT&Tag，ATAC-seq等技术
通过抗体富集与特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）结合的DNA片段，进行测序分析。适用场景：研究特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）在基因组上的结合位点。需要高分辨率的蛋白质-DNA相互作用图谱。样本量充足（通常需要数百万细胞）。
2025-02-14 15:31:28
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原创 转录组研究全攻略——实验设计、结果挖掘、验证
本文介绍了转录组实验设计、关键基因筛选及验证方法，涵盖样本选择、筛选策略和定量、定性、功能验证等环节，为生命科学研究提供参考。
2025-02-10 10:07:28
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原创 项目文章 | PNAS 斑马鱼转录因子ChIP-seq助力解析GATA6突变相关的肝脏疾病机制
一致的是，这一突变的Gata6变体显著降低了Lrh-1-β--catenin信号的活性，与野生型一样有效。的表达，并且Gata6与Lrh-1有相互作用，可以合理推测，当Gata6过表达时，过量的Lrh-1与Gata6之间的相互作用可能会影响Gata6的转录活性。突变体中观察到的β-catenin信号下调的生物学后果，通过使用β-catenin信号的抑制剂XAV939或SSTC3在斑马鱼胚胎中抑制了该信号，结果在3.5dpf时出现了小肝脏和聚集在结节中的胆管细胞（图5B），与这三个突变体中观察到的表型相似。
2025-01-24 11:38:38
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原创 项目文章（J Hepatol&IF:26.8）| CUT&Tag+转录组解析组蛋白新型修饰H3Q5ser调控HCC的发生机制
为了确定TGM2在HCC癌变和进展中的功能，作者测量了7种肝癌细胞系中TGM2的核和细胞质蛋白水平，并建立了TGM2敲低和核特异性过表达的细胞系，随后，作者进行了CCK-8和集落形成实验来评估HCC细胞的增殖，Transwell和伤口愈合试验来评估HCC细胞的迁移和侵袭能力。此外，在HTVI模型中，TGM2促进了HCC的癌变和进展。此外，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC组织中色氨酸羟化酶1（TPH1，外周组织中5-HT合成的限速酶）的表达升高，提示HCC中Trp代谢的5-HT通路可能比邻近非肿瘤组织更活跃。
2025-01-22 13:49:02
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原创 小白如何挑选单细胞标记的marker基因？
特别值得一提的是，它支持双向搜索功能，用户既可以从细胞类型出发查询对应的marker基因，也能够输入marker基因来查找相关的细胞类型，极大地提升了研究效率，为植物单细胞研究人员提供了一个全面、高效且便捷的数据资源平台，有力地推动了植物单细胞研究的发展进程。这些数据库各自具有独特优势，共同为单细胞研究提供了全面、丰富的数据资源和强大的分析工具，推动着单细胞研究在医学和农学等领域不断深入发展，帮助科研人员更高效地探究细胞的奥秘，为相关疾病的治疗、药物研发以及植物品种改良等方面奠定坚实基础。
2025-01-20 11:39:59
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原创 微生物ChIP-seq，舍我其谁？
研究发现了一个新的调控级联反应，其中转录因子COH2在昆虫表皮上激活表皮穿透基因的表达，而在血腔中，蛋白COH1与COH2相互作用，降低COH2的稳定性，从而抑制表皮穿透基因的表达并上调血腔定植基因的表达。爱基百客在微生物ChIP-seq领域的实力和成果有目共睹，通过与众多科研单位的紧密合作，我们助力揭示了多种微生物在不同环境条件下的基因调控机制，为微生物学研究提供了丰富的数据资源和深入的见解。: Peak注释和分布分析，Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析， 转录因子和Motif分析等。
2025-01-17 11:50:36
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原创 经济作物泛基因组文章盘点和解析
泛基因组比较鉴定了二倍体和四倍体棉花之间的共线性区域和高度分化区域，这些区域显示了持续的变异，并表明序列进化的持续过程可能与两个亚基因组的基因组大小变化有关。通过比较栽培种和野生种基因组的结构变异，构建了基于图谱的基因组，揭示了影响开花时间、春化和抗病性等性状的基因变异。研究团队开发了一种用于SV-全基因组关联研究（SV-GWAS）和基于表型数据的转录组关联研究，以及eQTLs和eQTL-GWAS共定位高通量联合分析的流程，鉴定出726个SV-基因表达-性状变异的关联，其中部分通过转基因实验得到验证。
2025-01-16 11:52:04
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原创 项目文章 | Dev Cell 陕西师范大学研究团队发表棉花纤维发育中的作用及调控机制
近日，陕西师范大学肖光辉课题组在期刊Developmental Cell（IF=10.7）发表题为Strigolactone promotes cotton fiber cell elongation by de-repressing DWARF53 on linolenic acid biosynthesis的文章，本研究利用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq、Y1H/Y2H、Dual-LUC、EMSA等技术方法探究GhD53在棉花纤维发育中的作用及调控机制。爱基百客为该研究提供DA
2025-01-13 11:29:32
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原创 新突破IF=1000+! | 爱基百客2024年项目文章盘点
研究发现，GhD53作为转录抑制因子，通过与GhSLRF相互作用抑制GhFAD3基因的转录，而SL信号的激活能够促使GhD53降解，从而解除对GhFAD3的抑制，增强亚麻酸生物合成，进而促进棉花纤维的伸长。本文通过在果蝇和小鼠模型上的研究发现，高脂饮食引起的肠道菌群失调导致酪胺(TA)的产生增加，TA通过激活肠细胞中的cytoCa2+信号通路，进而激活CRTC-CREB转录复合体，这种信号级联不仅抑制了饮食脂质的消化和肠道脂肪生成，还促进了线粒体生物发生，最终减轻了HFD诱导的胰岛素抵抗。
2025-01-08 11:47:31
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