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RSS订阅原创 项目文章大爆发，如何利用DAP-seq进行植物转录因子研究？
面对日益庞大且复杂的基因组学研究需求，DAP-seq无疑是广大科研工作者深挖分子机制、提升课题深度与广度、冲击高水平学术期刊的核心利器。期待在未来的科研探索中，DAP-seq技术能为您的前沿突破插上强有力的翅膀。
2026-04-20 11:54:21
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原创 写给科研新人：关于基因组学的那些基本概念
《组学入门指南：基因组学核心概念速览》用通俗语言解析生命科学领域高频术语。文章首先指出新人常面临的"词汇冲击"现象，随后系统介绍组学研究的整体视角与基因组核心概念。重点梳理三类关键知识点：测序分析流程（如Reads、比对、测序深度）、基因组变异类型（SNP、InDel、CNV、SV）以及基因组结构要素（外显子、CDS区、UTR区）。通过比喻和图示，帮助读者快速建立基因组研究的认知框架，为后续深入学习转录组等概念奠定基础。
2026-04-16 11:43:57
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原创 干货！如何验证转录因子与靶基因启动子互作？
在当前的基因表达调控研究中，许多科研人正面临一个显著的痛点：尽管通过DNA Pulldown、酵母单杂交等技术成功鉴定了靶基因上游的转录因子，或利用ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq等手段精准锁定了转录因子的下游靶基因，但在获得这些关键的分子互作线索后，往往缺乏明确的后续研究思路。本期，我们介绍了验证类技术：ChIP-qPCR、双荧光素酶、酵母单杂和EMSA。
2026-04-15 11:44:45
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原创 一张玻片，多个样本：空间转录组“拼片”实验的利与弊
空间转录组技术"拼片"方法利弊分析 空间转录组技术革命性地实现了基因表达与空间位置的同步检测，但高昂成本催生了"拼片"技术。该方法通过在单张玻片上处理多个样本，可显著降低成本（50%-75%）、提高通量，特别适合小尺寸样本研究。目前存在两种主流拼片方式："各自包埋"虽数据质量高但操作繁琐，"混合包埋"操作简便但存在切面不理想风险。 然而拼片技术暗藏多重风险：样本重叠导致实验失败、组织脱片风险增加、RNA分子扩散造成数据污染、数据
2026-04-14 11:46:40
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原创 New Phy项目文章|DAP-seq+RNA-seq助力解析西瓜miR159a-MYB33转录因子模块调控花药开裂引发雄性不育的分子机制
北京市农林科学院蔬菜所西瓜课题组在《New Phytologist》发表研究，揭示了miR159a-MYB33模块通过调控果胶降解酶PG活性影响西瓜花药开裂的分子机制。研究发现，Cl-miR159a过表达会抑制ClMYB33表达，导致花药开裂区细胞壁果胶降解受阻，从而引发雄性不育。通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，证实ClMYB33直接调控ClPG1和ClQRT2基因表达，其中ClQRT2是调控花药开裂的关键因子。该研究为西瓜雄性不育机制提供了新见解，并为作物杂种优势利用提供了理论基础。
2026-04-13 13:46:00
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原创 Plant Physio项目文章 | DAP-seq助力解析转录因子在葡萄种质资源的耐热性
中国科学院植物研究所王利军团队研究发现葡萄耐热性调控新机制。研究揭示HSFA2-HSFB2a-WRKY10转录级联通路在葡萄耐热性中的关键作用：HSFA2激活HSFB2a，后者抑制WRKY10表达，从而解除WRKY10对耐热基因APX3和HSP18.1的抑制作用。研究还发现野生葡萄V.davidii的HSFB2a启动子活性显著高于栽培葡萄V.vinifera，这可能是其耐热性更强的重要原因。该成果为培育耐热葡萄品种提供了理论依据，发表在《Plant Physiology》期刊。
2026-04-09 13:37:53
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原创 SNP/候选基因找上游调控机制，找转录因子结合证据，ATACdb 2.0帮你一键搞定
ATACdb2.0数据库重磅升级，为染色质可及性研究提供强大工具。该数据库样本量达5,304个，收录3.95亿个染色质开放区域（CARs），较1.0版本分别增长3.5倍和7.5倍。新增人类样本4,031个，并整合scATAC-seq数据构建伪批量测序谱，同时新增小鼠样本1,273个。核心功能包括：1）基于多证据的高置信度靶基因预测；2）深度注释表观特征；3）GWAS机制研究SNP检索；4）基因-CAR逆向追踪分析。数据库提供数据浏览、搜索、分析等功能，并采用三色点可视化标注样本质量，助力研究人员将ATAC-
2026-04-08 14:36:21
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原创 实用干货 | 单细胞转录组常见问答：从送样到项目经验（一）
单细胞转录组测序技术Q&A摘要：本文整理了单细胞转录组实验中的常见问题及解决方案，涵盖三大核心板块：送样建议（样本量要求、保存运输方法、取样注意事项）、悬液解离（活率/结团率/有核率优化方案及风险影响）、项目经验（成功案例数据参考）。针对实验各环节的典型问题提供详细解答，包括组织样本重量要求（动物组织200mg）、细胞悬液质检标准（活率＞85%）、风险样本优化方法（酶解条件调整、过筛处理等），为科研工作者提供实用的实验操作指南。
2026-04-02 11:53:23
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原创 突破GWAS瓶颈：家畜重要经济性状的“多组学”研究策略（一）
为确定候选因果变异并探究基因组变异对尾部脂肪沉积的影响，研究整合了不同尾型选择性清除分析结果、尾部脂肪重量性状的GWAS分析结果，以及绵羊尾部脂肪组织的表观基因组数据（包括ATAC测序、H3K27ac、H3K4me3CUT&Tag和Hi-C数据）。eQTL分析是将基因的表达信息作为表型，开展基因表达与遗传位点基因型间的相关性分析，识别遗传变异（eSNP）与基因（eGene）表达之间的调控关系，从而将遗传变异、基因表达、性状表型变化三者关联起来，解析复杂性状的分子发生机制。答案就藏在多组学联合分析中。
2026-04-01 13:42:21
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原创 项目文章 | CUT&Tag助力解析单原子纳米酶驱动乳酸逆转促进氧化代谢、抑制组蛋白乳酸化调控糖尿病伤口愈合的机制
研究摘要 重庆医科大学团队在《ACS Nano》发表研究，提出利用磷掺杂单原子铁纳米酶（Fe@CN-P）调控乳酸代谢与表观遗传，治疗糖尿病慢性伤口。该纳米酶通过电子结构工程，兼具乳酸氧化酶（LOX）活性与多酶催化功能，实现乳酸“逆转-再利用”：将乳酸转化为丙酮酸并促进三羧酸循环，同时抑制组蛋白乳酸化修饰（H3K18la），下调促炎基因（FGR、IL-1α、MMP9）。体内实验显示，Fe@CN-P可加速伤口愈合，兼具抗菌、抗炎和代谢重编程作用。这一“代谢-表观遗传协同调控”策略为代谢性疾病治疗提供了新思路。
2026-03-31 15:26:04
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原创 工具安利 | iFish：做水产育种和鱼类遗传，你的收藏夹里该加这个新数据库了
基于这些数据集，系统识别并定量了：1,873,956 个mRNA、287,873个lncRNA、197,554个circRNA、5,371个pre-miRNA、6,068个mature miRNA。目前鱼类研究已经积累了大量基因组、RNA-seq、miRNA-seq、单细胞转录组、ATAC-seq、ChIP-seq、WGBS、Hi-C以及蛋白组数据，但这些数据往往分散在不同项目、不同文章和不同数据库中。另一方面，鱼类又是研究性别决定、发育调控、环境适应、疾病抗性、进化与多样性的重要模型和资源对象。
2026-03-30 14:55:08
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原创 不用Cytoscape，轻松绘制好看的网络图 | 云平台
爱基百客云平台提供37款零代码分析工具，包含网络图可视化功能。用户登录后可通过网络图之hub基因工具，上传基因互作数据表格，自定义中心节点和颜色参数，一键生成可解释性网络图。平台支持多种文件格式输入，任务状态实时查看，并提供PDF/PNG格式结果下载。该工具简化了传统Cytoscape等软件的复杂操作，实现生物网络的高效可视化分析。
2026-03-27 13:35:56
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原创 写给科研新人：表观遗传机制的基础概念一览表
本文介绍了表观遗传学的基础概念，将DNA序列比作"硬件"，表观调控则是决定基因表达的"软件"。文章重点解析了四大表观机制：DNA甲基化（最稳定的沉默信号）、组蛋白修饰（复杂精密的"密码本"）、染色质可及性与三维结构（宏观的空间折叠）、染色质重塑（基因组的"搬运工"）。此外还介绍了表观重编程、表观记忆、二价染色质和表观时钟等常见概念。这些知识为科研新人提供了理解表观遗传学的基础框架，帮助掌握该领域的核心内容。
2026-03-25 13:40:20
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原创 Nat Commun项目文章 | ATAC-seq助力解析转录因子SREBP1介导的脂肪生成通过表观遗传重塑促进血管平滑肌细胞的去分化和衰老
摘要：Nature Communications最新研究发现，微重力环境下血管平滑肌细胞（VSMC）会因SREBP1介导的脂肪生成加速衰老。研究揭示乙酰辅酶A积累通过重塑染色质可及性，导致收缩基因关闭和衰老基因激活。实验证实敲低Srebf1可逆转微重力诱导的血管衰老样改变，为太空任务血管保护及地面血管衰老疾病治疗提供了新靶点。该研究获得ATAC-seq技术支持，揭示了脂质代谢在血管生物学中的关键作用。
2026-03-24 13:38:06
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原创 别光顾着看小龙虾openclaw了，水产圈的“硬核”多组学研究已经卷到了这种程度...
水产研究进入多组学时代：从现象描述到机制解析 近年来，水产科研正从传统表型观察转向分子机制解析，多组学技术成为核心驱动力。转录组、代谢组、微生物组、表观组学及单细胞测序等技术，为研究水生生物生长发育、抗病机制、营养代谢等提供了系统工具。研究热点包括： 经典组合：转录组+代谢组揭示基因表达与代谢物变化的关联 宿主互作：微生物组+代谢组+转录组解析肠道菌群对宿主的影响 深度调控：表观组+转录组探索环境胁迫的长期效应 典型案例显示，多组学技术已成功应用于小龙虾营养品质的温度响应、罗非鱼低温适应机制等研究，推动水产
2026-03-23 14:03:53
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原创 高分文章启示 ▏如何从“表观修饰”的角度研究植物免疫响应
从组蛋白修饰因子（如OsSHH5、HDA705和CsPRMT5）对防御基因染色质状态的直接重塑，到转录因子协同MTA介导的RNA m6A抗病毒靶向降解，再到病原菌侵染诱导的DNA甲基化全基因组重编程，这些研究深刻揭示了植物免疫反应的表观遗传学本质。无论是组蛋白修饰（如甲基化、乙酰化及新型酰化修饰）、RNA甲基化修饰（如m6A），还是全基因组层面的DNA甲基化，这些多维度的表观遗传变化不仅能够精准调控防御基因的激活与沉默，还在平衡植物生长发育与抗病性之间扮演着核心角色。
2026-03-20 11:44:32
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原创 项目文章 | Nat Commun&四川农业大学发现增强水稻的雄蕊外露和杂种种子产量的机制
四川大学水稻研究所团队在Nature Communications发表研究，鉴定出调控水稻柱头外露率的关键基因HER1。该基因通过表观遗传机制负调控下游基因DS2的表达，直接控制柱头大小。利用HER1功能缺失突变体her1培育的高柱头外露率不育系，使杂交制种产量提升20%以上。研究揭示了独立于粒形调控的柱头发育新通路，为杂交稻制种效率提升提供了新策略。爱基百客为研究提供了CUT&Tag、RNA-seq等技术支持。
2026-03-18 13:38:53
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原创 项目文章 | Nat Commun & CUT&Tag+RNA-seq助力解析组蛋白乳酸化介导的增生性疤痕形成机制
研究发现增生性疤痕中存在巨噬细胞-成纤维细胞的代谢-表观遗传调控环路：高硬度微环境促使巨噬细胞糖酵解增强，产生大量乳酸通过MCT1转运蛋白进入成纤维细胞，诱导组蛋白H3K23位点乳酸化修饰，进而激活促纤维化基因HEY2和COL11A1的表达。其中HEY2通过上调YAP1促进纤维化，COL11A1则与MCT1协同加剧乳酸积累，形成正反馈循环。动物实验证实靶向MCT1或清除巨噬细胞可改善疤痕形成，为临床治疗提供了新靶点。该研究揭示了代谢重编程与表观遗传修饰在病理性纤维化中的关键作用。
2026-03-18 09:16:14
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原创 如何填写测序项目信息分析表？（2026年版）
摘要：本文详细介绍了测序项目《信息分析搜集表》的填写要点，重点解析了ChIP-seq项目的信息填报规范。内容包括：1）分析类型选择需与合同产品名称一致；2）基因组信息填写需提供准确的物种拉丁名、参考基因组链接、注释文件和蛋白文件；3）样品命名需符合技术规范，建议使用文章发表用名；4）比对方案设计应遵循生物学重复原则。文章强调准确填写表格对后续分析的重要性，并提供实用建议，帮助科研人员确保信息提交一次到位，实现分析流程无缝衔接。
2026-03-17 09:34:49
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原创 扒一扒那些好用的转录因子TF-DNA数据库（下）
本文系统介绍了11个专业转录调控数据库工具，涵盖人类基因综合知识库Genecards、表观基因组数据平台ChIP-Atlas、转录因子结合位点预测库MotifMap等。这些数据库各具特色：TRANSFAC是转录因子领域的金标准数据库；GRNdb专注于单细胞基因调控网络；TransmiR研究转录因子与miRNA的调控关系；RiceTFtarget则是水稻专用的转录调控预测平台。每个数据库都详细说明了适用物种、网址链接和核心功能，为研究者提供了从基因表达调控到蛋白质-DNA相互作用分析的全面解决方案。
2026-03-13 11:42:33
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原创 告别玄学！ChIP-seq新手必看的关键Q&A：样本准备、抗体选择与关键验证
ChIP-seq实验关键问题解析 成功进行ChIP-seq实验需关注抗体选择、样本质量、前期验证及实验细节： 抗体选择：必须使用ChIP级别抗体，若无则推荐标签系统（如Flag/GFP）； 样本要求：探索性实验需1-2个样本，比较实验建议2-3个重复，运输需-80℃保存； 前期验证：通过WB确认抗体特异性及目标蛋白表达； 实验步骤：交联样本需充分清洗，超声片段化后浓度需≥20ng/μL； 富集评估：Input主峰应在100-500bp，IP片段较大，DNA浓度建议≥0.5ng/μL。 做好这些关键步骤可大幅
2026-03-12 16:44:17
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原创 收藏级！搞定单细胞注释：人/小鼠CD45+免疫细胞Marker全览 | 单细胞标记专题
《人/小鼠单细胞注释标记基因指南》系列专栏启动，旨在提供精准的免疫细胞注释参考。首期聚焦CD45+免疫细胞，系统整理了T细胞、B细胞、NK细胞、单核/巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞及肥大细胞等核心亚群的经典标记基因。特别强调组织特异性标记（如小胶质细胞、库普弗细胞等）与动态谱系（如单核/巨噬连续体）的鉴别要点。通过物种对比（人/小鼠）和功能亚群细分（如cDC1/cDC2），为单细胞数据分析提供实用参考。
2026-03-10 14:47:23
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原创 Postharvest Biology and Technology三篇力作聚焦：DNA甲基化抑制剂5-azaC如何破解果实采后贮藏核心难题？
近期三篇发表于《Postharvest Biology and Technology》的研究聚焦DNA甲基化抑制剂5-azacytidine（5-azaC）在果实采后保鲜中的应用。浙江万里学院团队发现5-azaC通过调控抗氧化系统和代谢通路显著降低猕猴桃冷害；贵州大学团队证实5-azaC能维持刺梨维生素C含量并延缓品质劣变；江苏省农科院团队证明5-azaC可同时提升水蜜桃品质和抗病性。这些研究揭示了表观遗传调控在果蔬采后保鲜中的重要作用，为开发新型保鲜技术提供了理论依据。
2026-03-10 09:20:26
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原创 Cell项目文章 | DAP-seq助力福建农林大学吴建国教授团队发现独脚金内酯信号重塑抗病毒免疫的机制
福建农林大学吴建国团队联合国际学者在《Cell》发表重要研究，揭示了独脚金内酯(SL)激素信号通路调控水稻抗病毒RNAi的新机制。研究发现SL通过激活转录因子MID1与ONAC131协同作用，上调RDR1/RDR6表达促进抗病毒小RNA产生。病毒P3蛋白通过占据SL受体D14结合界面抑制该通路，而基于冷冻电镜结构设计的D14D102N突变体可阻断P3干扰，使水稻在保持正常生长的同时获得抗病毒能力。该研究为作物抗病育种提供了新思路，爱基百客为研究提供了DAP-seq技术支持。
2026-03-06 13:43:36
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原创 JIPB项目文章|DAP-seq助力解析大豆转录因子在种子含油量中的调控作用
东北农业大学陈庆山团队发现大豆三螺旋转录因子GmGT-2F通过直接激活α-半乳糖苷酶基因GmAGAL的表达，显著提高种子油含量并改变脂肪酸组成。该研究整合RNA-seq和DAP-seq技术，揭示GmGT-2F通过增强GmAGAL的酶活性促进油脂积累，同时鉴定出其互作蛋白GmCYP2的抑制作用。通过对547份种质资源的单倍型分析，发现与高油含量相关的基因变异，为大豆分子育种提供了新靶点。
2026-02-28 11:49:49
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原创 项目文章盘点 | ATAC-seq如何成为高分文章的“机制解码器”？
ATAC-seq技术正成为解析基因调控机制的关键工具，四篇高分研究（Redox Biology、Advanced Science、Nature Communications、Cell Host & Microbe）展示了其在多领域的突破性应用：1）揭示Trem1通过染色质重塑调控中性粒细胞代谢；2）发现PRMT1非酶活性依赖的耐药机制；3）阐明SREBP1介导脂质生成引发血管衰老；4）证实嗜酸乳杆菌通过表观遗传改善脑缺血。这些研究共同验证了ATAC-seq在连接表型与转录调控中的核心价值，为机
2026-02-26 12:04:01
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原创 如何研究植物生物胁迫中的转录因子? | 生物胁迫专题
转录因子作为植物免疫反应中的“战时指挥官”，其功能远不止于单一基因的开关。从SlJIG调控次生代谢产物到MYC2介导的复杂级联反应，再到miR172a-SNB-MYB30模块揭示的表观遗传调控，上述案例清晰地勾勒出植物抗逆研究演进的轨迹：我们正从鉴定单个抗病基因的“单点突破”，迈向解析多蛋白复合体、多层级转录级联以及激素互作的“多维网络”时代。随着DAP-seq、CUT&Tag、ChIP-seq等组学技术的广泛应用，转录因子在基因组范围内的结合图谱正变得愈发清晰。
2026-02-11 13:42:21
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原创 10篇1区论文带你看清DNA甲基化对植物抗逆性的调节作用
植物表观遗传调控在抗逆中的关键作用：DNA甲基化通过动态修饰调控胁迫响应基因，形成跨代记忆。研究表明，甲基化水平变化（CG/CHG/CHH）可双向调控代谢通路（苯丙烷、淀粉/蔗糖）、防御基因（NB-LRR、自噬相关）及光合作用相关基因的表达。胁迫下甲基化重编程由RdDM通路建立、甲基转移酶（MET1/CMT/DRM）维持、去甲基化酶（ROS1/DML）擦除协同完成。最新发现包括：棉花GhDMT7沉默通过CG低甲基化增强耐盐性；柑橘MET1调控TET8表达影响耐寒性；黄瓜ROS1诱导ATG6低甲基化提升自噬能
2026-02-09 14:19:28
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原创 PNAS|如何利用多组学研究转录因子NLP7调控植物“生长-胁迫”平衡
摘要：PNAS研究揭示拟南芥转录因子NLP7通过整合氮素和干旱信号通路，平衡植物生长与防御反应。研究发现氮素与干旱信号存在显著的基因拮抗关系，82%共调控基因受ABA主导。NLP7作为核心调控因子，在干旱条件下直接抑制ABA信号通路关键转录因子（如HB6、ABF4），影响气孔关闭和水分保持。多组学分析显示NLP7通过层级调控网络协调生长与胁迫响应，其突变体表现出增强的耐旱性。该研究为理解植物环境适应机制提供了新见解，并展示了从表型到分子机制的系统研究范式。
2026-02-08 18:10:59
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原创 从人鼠到植物：SEdb 3.0数据库一站式检索与分析超级增强子调控网络
哈尔滨医科大学团队在《Nucleic Acids Research》发布了SEdb 3.0数据库，实现了超级增强子研究的重大突破。该版本首次将拟南芥和玉米纳入数据库，打破了动植物研究壁垒，涵盖4个物种的5387个ChIP-seq样本数据。新增eRNA、转录辅因子等深度功能注释，并提供SEBlast比对、核心转录因子富集等实用工具。通过整合多维数据和完善分析功能，SEdb 3.0为解析细胞命运决定机制和作物农艺性状调控提供了重要平台。
2026-02-05 13:45:53
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原创 Trends Plant Sci综述|超越乙酰化：植物新型组蛋白修饰与代谢互作新视野
植物表观遗传学研究揭示了一系列新型组蛋白短链酰化修饰（如巴豆酰化、乳酸化等）正在改写传统组蛋白密码认知。这些修饰直接来源于代谢中间产物，构建了环境胁迫-代谢波动-染色质重塑-基因表达的直接通路。最新综述系统梳理了植物中近200个酰化修饰位点、相关代谢酶及其在发育和胁迫响应中的调控功能，特别强调了这些修饰在植物特有的代谢调控网络中的独特作用。尽管研究取得进展，但植物酰化修饰间的串扰机制、代谢调控特异性以及关键阅读器蛋白的鉴定仍是未来研究的重点方向......
2026-02-02 14:01:35
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原创 长寿为什么能“遗传”？Science新研究揭开跨代长寿的“epigenetic密码”
研究发现溶酶体是连接体细胞与生殖系的长寿信使;，能通过表观遗传调控将长寿性状传递给后代。研究以线虫为模型，揭示溶酶体激活会触发肠道HIS-71蛋白上调，转运至生殖细胞后被DOT-1.3甲基化，最终导致后代寿命延长35%。该机制在生理性饥饿时也能激活，表明这是生物应对环境变化的天然适应机制。研究颠覆传统认知，为抗衰老提供了新靶点，未来或可通过调控相关分子实现可遗传的健康长寿。
2026-01-30 17:34:37
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原创 国自然热点 ▏跟着顶刊学习如何研究肠道菌群与组蛋白修饰
自 1989 年 “肠 - 脑轴” 命名以来，肠道菌群研究已从 “差异描述” 进阶到 “机制 - 干预 - 临床价值” 三位一体的因果闭环阶段，2026 年国自然将其列为持续热点方向。菌群 - 宿主共代谢是核心赛道：微生物可将膳食纤维、胆固醇等日常底物，转化为短链脂肪酸、次级胆汁酸等信号分子；这些代谢物可作用于宿主组蛋白的乙酰化、m6A 等位点，重塑染色质开放度，调控基因转录的 “开 / 关”，进而影响疾病表型。
2026-01-30 11:01:49
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原创 找“转录因子”结合位点？查“靶基因”调控？ChIP-Atlas 3.0一个工具全搞定
ChIP-Atlas 3.0是一个整合多种表观遗传数据的综合数据库，包含超过376,000个公共实验数据，支持转录因子靶基因预测、共定位分析、差异比较和功能注释等研究。最新版本新增注释轨道和差异分析功能，可结合Hi-C数据解析远距离调控，并支持GWAS/SNP的功能注释。该平台提供6大模块，包括Peak可视化、富集分析等，为转录调控机制、疾病研究和药物开发提供重要资源支持。
2026-01-26 11:55:53
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原创 国自然 | 如何利用“代谢-表观”讲好巨噬细胞训练免疫这个故事
巨噬细胞的训练免疫机制突破传统认知 近年来，巨噬细胞的训练免疫机制成为免疫学领域的研究热点。这一概念颠覆了先天免疫缺乏记忆的传统观点，揭示了先天免疫细胞在初次刺激后能通过表观遗传和代谢重编程建立免疫记忆。核心机制包括：染色质可及性改变（H3K4me3/H3K27ac等修饰保留）和代谢重编程（糖酵解增强、琥珀酸/乳酸积累）。多组学研究表明，这些变化使细胞在二次刺激时能快速启动更强反应。该机制在感染防御、肿瘤免疫及疫
2026-01-23 14:01:47
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原创 产品推介——ATAC-seq：开启染色质“任意门”，预测转录因子，解析调控网络
染色质开放性与ATAC-seq技术应用 染色质开放性指基因组中易被调控蛋白访问的DNA区域，是基因表达调控的关键。ATAC-seq技术利用Tn5转座酶精准标记开放区域，具有超低样本量、高分辨率等优势。该技术已成功应用于疾病机制、发育分化、作物育种等领域，通过整合多组学数据揭示染色质动态与基因表达的关联。
2026-01-19 14:03:56
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原创 从ENCODE到植物pENCODE：表观图谱正当时，附数据库盘点
人类基因组计划完成后，科学家发现仅1.5%的DNA编码蛋白质，其余98%曾被视为垃圾DNA。ENCODE计划应运而生，旨在解码这些非编码区的功能元件。植物领域也兴起了pENCODE计划，包括水稻、水果、拟南芥、棉花和玉米等多个物种的ENCODE项目，系统绘制植物基因组调控元件图谱。尽管取得进展，植物ENCODE仍处于起步阶段，数据主要集中在少数模式物种。爱基百客提供全套植物表观组学解决方案，助力科研人员突破数据瓶颈，从现象描述迈向机制解析。
2026-01-16 13:53:29
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原创 如何进行群体遗传结构分析？
群体遗传结构，作为群体遗传学的核心研究目标与关键产出，旨在揭示遗传变异在群体中的时空分布格局。在众多相关研究中，由系统发育树、主成分分析与ADMIXTURE等经典方法共同构成的整合分析图谱，已成为解码这一格局的“标准密码”（图1）。今天，我们将共同学习如何从重测序数据出发，一步步完成这份核心图谱的构建。图1 群体遗传结构示例图a系统发育树，观察各枝分布来判断群体的聚类情况。图b主成分分析，不同的颜色代表了不同的群体，观察不同颜色样本在坐标图中的位置来判断群体演化特征。
2026-01-09 11:48:58
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原创 全景解析｜从FASTQ到变异位点：一文读懂重测序的底层逻辑与应用
自1977 年Sanger测序技术问世以来，伴随科学技术的迭代升级与测序需求的多元化发展，各类基因组测序技术相继被研发并投入应用。由于不同测序策略技术原理的不同，它们各有其适用场景与局限性（图1）。但当某一物种具备高质量的参考基因组时，重测序技术在大规模、高效率的遗传变异检测与分析方面的优势便得以充分凸显。它跳过了耗时费力的从头组装步骤，直接通过序列比对实现变异挖掘，从而能够在个体与群体水平上，系统解析从点突变到结构变异的多层次遗传差异，为群体遗传学与分子遗传育种提供直接、可靠的数据基础。
2026-01-07 16:41:39
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