离群值是什么意思_学术必备！代谢组学及数据分析相关问题汇总

为方便大家快速地掌握代谢组学及数据分析相关知识，现把咨询我们的有关代谢组学及数据分析的一些问题给大家整理出来，供大家参考。

1.PCA：loading图，P=COSα中P代表什么意思？

The loading, p, for a selected PCA dimension, represent the importance of the X variables in that dimension。

2.两个组学的PCA怎么做？

两组学建议进行O2PLS/O2PLS-DA分析。

3.去除离群值后新做的PCA分析还有很多样本离群，这种情况正常吗？

正常，因为样本本身并不是独立的关系，存在组间差异和组内差异。

4.OPLS-DA中score图t旁边的数字说是权重，是什么的权重？有什么含义？

t[1]是针对预测主成分(横坐标)的回归系数权重大小；t[2]是针对正交主成分(纵坐标)的回归系数权重大小。

5.OPLS-DA能看出变量与参照组比是上调还是下调吗？loading column 值的正负有什么意义？

从OPLS-DA的loading column柱状图中可以发现，当变量为正的时候，代表的是该物质含量高表达(一般认为相对参照组上调)，当变量为负的时候，代表的是该物质含量低表达(一般认为相对参照组下调)。

6.OPLS-DA默认是以哪个组为参照进行比较分析？我们做分析的时候发现，如果人为定义参照组的话，如A和B比，与B和A比，它的loading图纵坐标值正好是正负相反的。而且如果用Omics skin导入数据进行分析的话，是可以选refere