python shell怎么换行_python & shell：去除fasta文件的换行符

导读

很多程序输出的fasta序列每60个碱基会换一次行，下面是一个去除碱基序列后的换行符的方法。

一、输入

cat test

# 一个随便写的文件

>sequence_1

AAAA

GGGG

CCCC

TTTT

>sequence_2

aaaa

gggg

cccc

tttt

二、去换行符：python

脚本：python3

#!/usr/bin/env python3

import os

import sys

import re

ms, infile, outfile = sys.argv

with open(infile) as f:

Dict = {}

for line in f:

if line[0] == ">":

key = line.strip()

Dict[key] = []

else:

Dict[key].append(line.strip())

with open(outfile, 'w') as o:

for key, value in Dict.items():

o.write("{}\n{}\n".format(key, ''.join(value)))

运行：python3

python3 trim_enter.py test test2

结果：python3

>sequence_1

AAAAGGGGCCCCTTTT

>sequence_2

aaaaggggcccctttt

三、去换行符：shell

运行：shell单行命令

awk '!/^>/{printf "%s", $0; n="\n"}/^>/{print n $0; n=""}END{printf "%s", n}' test > test2

在不以>开头的行中，打印不带换行符的行，并存储一个换行字符(在变量n中)以供以后使用。

在以>开头的行中，打印存储的换行字符(如果有的话)和该行。

重置n，以防这是最后一行。如果需要，以换行结束。

结果：shell

cat test2

# 随便看看结果

>sequence_1

AAAAGGGGCCCCTTTT

>sequence_2

aaaaggggcccctttt