python导出csv文件、统计每个出现的次数_Python脚本：fasta文件多序列信息统计

设计需求

统计fasta文件中多条序列信息，设计目标效果：

图片.png

将结果输入到csv格式的表格中，因为csv格式表格用，分隔数据。

脚本使用argparse模块，提示输入数据。

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(）

parser.add_argument('integers', type=str, help='输入fasta文件名')

args = parser.parse_args()

#获得integers参数

print(args.integers)

读取多个序列存入字典

当fasta文件中多条序列时，需要解决序列名与对应序列的储存问题。

创建一个fasta字典，将序列名字和序列储存进去。

当line[0]也就是第一个字符等于>时，就将名字赋值给header。

line[1:]是去除line第一个字符。因为fasta以>开头去掉>才是真的名字。

如果line[0]不是>那就是序列，那么我们就把序列储存给fasta字典并对应的序列名。

get()方法语法：

dict.get(key, default=None)

key -- 字典中要查找的键。

default -- 如果指定键的值不存在时，返回该默认值。

fasta[header] = fasta.get(header, '') + sequence使用这句是为了让序列中换行的序列也储存起来，连接两个分行的序列。

#读取序列字典

def read_fasta(input):

with open(input, 'r') as f:

fasta = {}

for line in f:

line = line.strip()

if line[0] == '>':

header = line[1:]

else:

sequence = line

fasta[header] = fasta.get(h