地理项目是IBM和国家地理学会的合作研究项目,从成千上万捐献的DNA分析地球上人类是如何繁衍的。
作为一个IBM的研究人员,请你写一个程序找出给定的DNA片段之间的相同之处,使得对个体的调查相关联。
一个DNA碱基序列是指把在分子中发现的氮基的序列给罗列出来。有四种氮基:腺嘌呤 (A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(D),例如,一个6碱基DNA序列可以表示为 TAGACC。
给出一个DNA碱基序列的集合,确定在所有序列中都出现的最长的碱基序列。
输入格式:
输入的第一行给出了整数n,表示测试数据集合的数目。每个测试数据集合由下述两部分组成:
一个正整数m(2≤m≤10),给出数据集合中碱基序列的数目。
m行,每行给出一个60碱基的碱基序列。
输出格式:
对于输入的每个测试数据集合的所有的碱基序列,输出最长的相同的碱基子序列。
如果最长的相同的碱基子序列的长度小于3,则输出“no significant commonalities”来代替碱基子序列。
如果相同最长长度的子序列有多个,则仅输出按字母排序的第一个。
输入样例:
3
2
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
3
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATA
GATACTAGATACTAGATACTAGATACTAAAGGAAAGGGAAAAGGGGAAAAAGGGGGAAAA
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAAAGGAAAGGGAAAAGGGGAAAAAGGGGGAAAA
3
CATCATCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
ACATCATCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AACATCATCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
输出样例:
no significant commonalities
AGATAC
CATCATCAT
本题由于数据规模较小,直接暴力求解,枚举所有子串,用strstr()函数,或者find()函数在其他串中匹配,或者用kmp也行。
#include<bits/stdc++.h>
using namespace std;
#define maxsize 61
void match(char c[][maxsize],int m) ///二维数组c的行数为n
{
bool findout=false; ///是否找到公共串
char ans[maxsize]; ///存放找到的公共串
strcpy(ans,"Z"); ///初始化ans,因为题目中字符串的字母只有ATGD
for(int i=60; i>=3; i--) ///枚举所有子串,长度i,从大到小,因为要求的是最长的公共子串
{
for(int j=0; j<=60-i; j++) ///枚举所有长度为i的字串
{
char pattern[maxsize]; ///存放每次枚举的子串
int cnt=0; ///记录与后面字符串匹配的字符串的个数
strncpy(pattern,c[0]+j,i); ///枚举子串
pattern[i]='\0';
for(int k=1; k<m; k++) ///在剩下的碱基序列中查找是否有该子串
{
if(strstr(c[k],pattern)) cnt++;
else break;
}
if(cnt==m-1 && strcmp(ans,pattern)>0) ///如果都有pattern子串并且比原有的ans字典
///序小,则拷贝给ans
strcpy(ans,pattern),findout=true;
}
if(findout) ///如果长度为i的子串都匹配成功,
///直接打印,因为从大到小枚举,得到的肯定是最长的
{
printf("%s\n",ans);
return;
}
}
strcpy(ans,"no significant commonalities");
printf("%s\n",ans);
}
int main()
{
int n;
cin>>n;
while(n--)
{
int m;
scanf("%d",&m);
char c[m][maxsize];
for(int i=0; i<m; i++)
{
scanf("%s",c[i]);
}
match(c,m);
}
return 0;
}